Problem dotyczy 82 projektów realizowanych w ramach Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój (PO WER 2.2), których celem jest wsparcie małych i średnich przedsiębiorców przez opracowywanie planów rozwojowych. Projekty te finansowane są częściowo z unijnych dotacji. We wcześniejszej edycji programu skarbówka nie żądała od beneficjentów zapłaty VAT, ale od jesieni ubiegłego roku nagle zaczęła wymagać zapłaty tego podatku.
Zmiana stanowiska fiskusa całkowicie zaskoczyła beneficjentów, którzy kierowali się dotychczasowymi interpretacjami urzędów skarbowych. Utrzymanie się nowej interpretacji oznacza dla nich konieczność wyłożenia z własnej kieszeni dodatkowych kwot, aby zapłacić VAT. Kosztorysy opracowane przez beneficjentów przestały się więc zgadzać.
W piśmie do wiceministra finansów Pracodawcy RP ostrzegają, że dalsze prace w ramach tych projektów mogą zostać zawieszone, co doprowadzi do sytuacji, że z jednej strony nie zostaną zrealizowane zakładane wskaźniki projektów, fundusze unijne nie zostaną wydatkowane, a VAT i tak nie zostanie naliczony. Zwracają się także do Rady Dialogu Społecznego, o przyjęcie przez nią uchwały wzywającej resort do jak najszybszej reakcji i usunięcia błędnych oraz groźnych ze względu na konsekwencje interpretacji prawnych.
