Istota problemu występującego w sprawie sprowadzała się do oceny wpływu braku ewidencji wyrobów akcyzowych objętych zwolnieniem na powstanie zobowiązania podatkowego w podatku akcyzowym w związku ze zużyciem oleju napędowego na cele żeglugi.
W przedmiotowej sprawie naczelnik urzędu celnego stwierdził, że prowadzona przez podatnika ewidencja wyrobów akcyzowych objętych zwolnieniem od akcyzy nie spełniała wymogów określonych w rozporządzeniu. W konsekwencji organ uznał, że nabycie, a następnie zużycie zwolnionego od akcyzy oleju napędowego do celów żeglugi bez realizacji ustawowych warunków uprawniających do stosowania tego zwolnienia oznacza, że strona wykonała czynność podlegającą opodatkowaniu podatkiem akcyzowym, stając się tym samym podatnikiem podatku akcyzowego, zobowiązanym do złożenia deklaracji dla podatku akcyzowego oraz do uiszczenia należnego podatku.
Podatnik nie zgodził się z tym rozstrzygnięciem uznając, że stwierdzone przez organ nieprawidłowości w ewidencji, tj. brak poinformowania naczelnika urzędu celnego przez podatnika o formie prowadzenia ewidencji towarów zwolnionych od akcyzy, błędy w prowadzeniu tej ewidencji (brak stempla, daty czy też zapisy dokonane bez podziału według kodów CN), także nieprzedstawienie ewidencji naczelnikowi urzędu celnego - celem oplombowania, opisania i podpisania, nie mogą stanowić przesłanki utraty zwolnienia od akcyzy i w konsekwencji stanowić podstawy do naliczenia podatku akcyzowego.
Sprawa trafiła do WSA w Szczecinie. W ocenie sądu w sytuacji, gdy organy celne ustaliły, że podatnik zużył nabyty olej napędowy na cele żeglugi, a więc spełnił warunek materialny zwolnienia od akcyzy, uchybienia w zakresie warunków formalnych nie musiały prowadzić do ustalenia, iż zaistniały podstawy do określenia zobowiązania podatkowego w podatku akcyzowym. Nie w każdym bowiem przypadku, gdy ewidencja nie jest prowadzona w sposób określony w rozporządzeniu ministra finansów, zużycie oleju napędowego zgodnie z przeznaczeniem objętym zwolnieniem, będzie uzasadniało przyjęcie, że powstało zobowiązanie podatkowe w podatku akcyzowym. I tak, jeśli "ewidencja wyrobów akcyzowych objętych zwolnieniem od akcyzy", nie była prowadzona w sposób ustalony w rozporządzeniu ministra finansów, lecz zawiera informacje umożliwiające ustalenie: ilości wysłanych lub otrzymanych wyrobów akcyzowych zwolnionych od akcyzy ze względu na przeznaczenie, terminu wysłania lub odbioru tych wyrobów, a także miejsca odbioru w przypadku ich przemieszczania oraz informacje o dokumentach dostawy mamy do czynienia z uchybieniem formalnym, które samo w sobie nie może stanowić podstawy do kwestionowania prawa do zastosowania. Z uwagi na powyższe, sąd za nieuzasadnione uznał stanowisko organów celnych, że skoro podatnik nie prowadził stosownej ewidencji wymaganej do zwolnienia nabywanych przez niego wyrobów akcyzowych od podatku, to nie nabył prawa do zwolnienia od akcyzy z uwagi na przeznaczenie nabywanych wyrobów akcyzowych.
Wyrok WSA w Szczecinie z 10 kwietnia 2013 r., I SA/Sz 41/13