Celem SME Instrument jest wypełnienie luki przy finansowaniu przez MŚP badań na wczesnym etapie, badań wysokiego ryzyka oraz innowacji, jak również pobudzanie innowacji przełomowych. Wsparcie zostało przygotowane w ten sposób, żeby objęty nim był cały proces tworzenia innowacji, począwszy od studium wykonalności aż po komercjalizację.
Faza I
Celem Fazy I jest m.in.: ocena potencjału technicznego i komercyjnego projektu, wykonalności koncepcji, ocena ryzyka, zarządzanie prawami własności intelektualnej oraz poszukiwanie partnerów do współpracy. Rezultatem Fazy I będzie przygotowanie biznes planu kwalifikującego do Fazy II.
Beneficjent: pojedyncze MŚP bądź konsorcjum MŚP
Czas trwania: 6 m-cy
Wsparcie: ryczałt w wysokości 50 000 euro oraz możliwość uczestnictwa w dedykowanych szkoleniach
Faza II
W tej Fazie dofinansowane mogą zostać następujące działania: prototypowanie, pilotaż innowacyjnych procesów, produktów i usług, miniaturyzacja konstrukcji produktów, planowanie i rozwój skalowania (segmenty rynku, procesy itp.), powielanie rynkowe. Rezultatem Fazy II będzie przygotowanie biznes planu kwalifikującego do Fazy III.
Beneficjent: pojedyncze MŚP bądź konsorcjum MŚP
Czas trwania: 12-24 m-ce
Wsparcie: grant w wysokości 1-3 mln euro oraz możliwość uczestnictwa w dedykowanych szkoleniach
Faza III
To faza komercjalizacji, w której nie przewidziano bezpośredniego dofinansowania, ale szereg działań wspierających np.: uproszczony dostęp do dłużnych i kapitałowych instrumentów finansowych, jak również innych zasobów, na przykład w zakresie ochrony praw własności intelektualnej. Faza ta to także szkolenia i mentoring oferowane małym i średnim przedsiębiorstwom przez ekspertów.
Pomyślne zakończenie jednego etapu pozwoli MŚP przejść do następnego, każdy etap będzie otwarty dla wszystkich małych i średnich przedsiębiorstw. Jednakże, pojedyncze przedsiębiorstwo nie może jednocześnie aplikować do obu faz.
Innym instrumentem zapewniającym szybkie znalezienie się innowacji na rynku jest Fast Track to Innovation, schemat który wejdzie w życie w 2015 roku. Fast Track to Innovation ma wspierać działania w zakresie innowacji w ramach filarów  Wiodąca Pozycja w Przemyśle oraz Wyzwania Społeczne. Instrument będzie funkcjonował w oparciu o stale otwarte zaproszenie do składania wniosków, zainteresowane strony będą mogły przedstawić wnioski w dowolnym czasie, a Komisja Europejska ustali trzy daty w roku, w celu oceny wniosków. W trakcie akcji pilotażowej zostanie sfinansowanych około 100 wniosków projektowych. O finansowanie (grant do 3 mln euro) będą się mogły ubiegać małe, 5 podmiotowe, międzynarodowe konsorcja, którym przewodzić będzie odpowiednio mała lub średnia firma, w której narodziła się koncepcja projektu lub też uczelnia, która w celu komercjalizacji swojego pomysłu powołała spółkę typu spin-out.
Firmy zainteresowane nawiązaniem długotrwałej współpracy badawczo-naukowej z sektorem publicznym powinny zainteresować się grantami dostępnymi w Działaniach Marii Skłodowskiej-Curie, które koncentrują się na kształceniu zawodowym, mobilności i rozwoju kapitału ludzkiego naukowców. Współpraca obejmuje wymianę know how i doświadczenia w ramach  dwukierunkowego oddelegowania personelu badawczego uczestników, działania z zakresu badan i współpracy.
Mechanizmy skierowane do MŚP wymagają, aby starający się o dofinansowanie podmiot posiadał status małego i średniego przedsiębiorstwa zgodnie z definicją przygotowaną przez Komisję Europejską: „Do kategorii mikro, małych i średnich przedsiębiorstw (MŚP) zaliczają się przedsiębiorstwa, które zatrudniają mniej niż 250 osób i mają obrót mniejszy niż 50 milionów euro rocznie lub dochód nie przekraczający 43 milionów euro.”
W celu potwierdzenia tego statusu, podczas rejestracji przeprowadzona zostanie odpowiednia ankieta. Wynik testu na MŚP pozwoli przedsiębiorstwu na złożenie oświadczenia wiarygodności.