W 2011 roku powiatowy Sanepid zobowiązał placówkę do wyodrębnienia co najmniej jednej sali operacyjnej, mającej bezpośrednie połączenie z częścią brudną bloku operacyjnego dla usuwania zużytego materiału, z zachowaniem ruchu jednokierunkowego, a także rozdział pracowników, pacjentów, materiału czystego od brudnego, materiału zużytego, brudnych narzędzi, brudnej bielizny i odpadów pooperacyjnych.
Chodziło też o zapewnienie skutecznej wentylacji w salach operacyjnych. Należało też naprawić stolarkę okienną i drzwiową oraz wydzielić salę wybudzeń.
Te obowiązki szpital miał wykonać do dnia 31 grudnia 2011 roku, a część z nich do 31 maja 2011 roku. Sanepid kontrolował szpital i stwierdził, że nie dokonano wszystkich niezbędnych prac wskazanych w decyzji, dlatego podjęto decyzję o zamknięciu bloku operacyjnego.
WSA uchylił decyzję Sanepidu. Z wyrokiem tym nie zgodziły się obie strony sportu. NSA oddalił obie kasacje, stwierdzają, że w szpitalu miejskim w Rabce nie było zagrożenia zdrowia lub życia ludzi z powodu niewykonania prac zaleconych przez inspektora. Poza tym program dostosowawczy dawał szpitalowi czas na poprawę warunków do 31 grudnia 2016 roku.