NFZ przeprowadził w 2012 r. 1076 kontroli w aptekach, 938 z nich zakończyło się przekazaniem zaleceń pokontrolnych. Fundusz podkreśla, że, mimo iż wzrosła znajomość i poprawność stosowania przepisów, kontrolerzy nadal odnotowują powtarzające się błędy.
Chodzi m.in. o brak pełnych danych pacjenta i danych dotyczące osoby wystawiającej receptę; brak podpisu, pieczątki; nieprawidłowe lub niepełne nazwy leków, postaci, dawki, wielkości opakowań i ilości leków oraz sposób dawkowania. Zdarza się, że realizowane się recepty przeterminowane lub przed datą wystawienia.
Kontrolerzy stwierdzili także obrót substancjami niedozwolonymi w punktach aptecznych (w szczególności sprzedaż leków psychoanaleptycznych, substancji psychotropowych, trucizn oraz leków przeciwnowotworowych). Na przykład w samym tylko Oddziale Podlaskim NFZ zakwestionowano z tego tytułu refundację na kwotę ponad 36 tys. zł.
W wyniku kontroli ujawniono również dopisywanie leków do recept, wykorzystywanie numerów recept pełnopłatnych do przedstawienia ich jako numerów recept na drogie leki refundowane, realizację recept sfałszowanych. Kontrolerzy wykryli też zawyżanie wyceny kosztów wykonania leków recepturowych. Tylko w jednej aptece w obszarze działania Oddziału Łódzkiego NFZ zakwestionowano z tego tytułu refundację na kwotę ponad 29 tys. zł.
Umowę z NFZ na realizację recept w 2012 roku miało 13366 aptek oraz 1145 punktów aptecznych.