W projekcie rozporządzenia określono, iż podstawę rozliczenia kosztów przez ministra właściwego do spraw zdrowia stanowi sprawozdanie Narodowego Funduszu Zdrowia wraz z wnioskiem o uruchomienie dotacji i informację dodatkową. Sprawozdanie sporządzane jest odrębnie za każdy miesiąc oraz narastająco od początku roku.
Zgodnie z projektem sprawozdania za miesiąc poprzedni sprawdzone pod względem merytorycznym i formalno-rachunkowym prezes Funduszu przekazuje ministrowi właściwemu do spraw zdrowia wraz z wnioskiem o uruchomienie dotacji i informacją dodatkową, w terminie do 30 dnia każdego miesiąca następującego po miesiącu, w którym zrealizowano świadczenia. Za datę przekazania dokumentów uznaje się dzień ich wpływu do ministra właściwego do spraw zdrowia.
Sprawozdanie zawiera podstawę prawną udzielonych świadczeń opieki zdrowotnej, wartość świadczeń opieki zdrowotnej oraz liczbę osób, którym udzielono tych świadczeń, w odniesieniu do poszczególnych oddziałów wojewódzkich Funduszu. Zgodnie z projektem, sprawozdanie za październik zawiera dodatkowo prognozę wydatków świadczeń opieki zdrowotnej, które zostaną udzielone w listopadzie i grudniu.
Minister właściwy do spraw zdrowia przekazuje Funduszowi dotację za dany miesiąc w terminie 30 dni od otrzymania dokumentów.
Prezes Funduszu do 20 stycznia roku następnego przekazuje ministrowi właściwemu do spraw zdrowia rozliczenie otrzymanej dotacji za dany rok. Niewykorzystana część dotacji przekazanej przez ministra właściwego do spraw zdrowia podlega zwrotowi dokonywanemu przez Fundusz na rachunek bankowy ministra właściwego do spraw zdrowia do dnia 31 stycznia roku następującego po roku przekazania dotacji.
Zakłada się, iż projektowane rozporządzenie wejdzie w życie po upływie 30 dni od dnia ogłoszenia w Dzienniku Ustaw Rzeczypospolitej Polskiej.