W przypadku dokonania wpłaty na rzecz danej jednostki samorządu terytorialnego pomimo braku ustawowego obowiązku, powstaje pytanie o istnienie rozwiązań prawnych umożliwiających odzyskanie nienależnie wydanych środków. W praktyce wiele wątpliwości pojawia się także w odniesieniu do skutków prawnych takich działań dla samych jednostek samorządu terytorialnego. Podjęcie przez uprawnione podmioty czynności mających na celu odzyskanie nienależnej opłaty skarbowej, utrudnia ponadto fakt, iż w ustawie o opłacie skarbowej  brak jest rozwiązań prawnych regulujących takie sytuacje.

W pierwszej kolejności wskazać należy, iż stawie o opłacie skarbowej przewiduje wyłącznie dwa przypadki umożliwiające dokonanie przez właściwy organ zwrotu opłaty skarbowej. W myśl przepisu art. 9 ust. 1 opłata skarbowa podlega zwrotowi:
1) od dokonania czynności urzędowej – jeżeli mimo zapłacenia opłaty nie dokonano czynności urzędowej;
2) od wydania zaświadczenia lub zezwolenia (pozwolenia, koncesji) – jeżeli mimo zapłacenia opłaty nie wydano zaświadczenia lub zezwolenia (pozwolenia, koncesji).

Katalog przesłanek warunkujących zwrot opłaty skarbowej ma charakter zamknięty. Brak wskazania w ustawie instrumentów prawnych umożliwiających gminie dokonanie zwrotu nienależnych świadczeń, może w praktyce rodzić wiele trudności. Poprzez pojecie świadczenia nienależnego, rozumieć należy dokonanie opłaty skarbowej pomimo braku ustawowego obowiązku, na rzecz niewłaściwej gminy lub w wyższej niż wymagana wysokości. Wyszczególnienie w ustawie wyłącznie dwóch przypadków umożliwiających zwrot świadczenia, może prowadzić do wniosku, iż przepisy prawa nie przewidują rozwiązań w zakresie odzyskania nienależnej opłaty skarbowej. Przypomnieć jednak należy, iż opłata skarbowa jest specyficznym rodzajem podatku, do której stosuje przepisy ustawy 27 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa . Zgodnie z powyższym, do zwrotu nienależnej lub nadpłaconej opłaty skarbowej, stosować należy zasady ogólne określone w Ordynacji podatkowej. Stosownie do treści art. 72 § 1 pkt. 1 Ordynacji podatkowej , za nadpłatę uważa się przede wszystkim kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Podobne rozumienie pojęcia nadpłaty znajduje odzwierciedlenie w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego. Zgodnie z wyrokiem NSA z dnia 11 grudnia 1998 r., I SA/Lu 1255/97, nadpłatami są zarówno świadczenia podatkowe nadpłacone - tzn. gdy rzeczywiście dokonana wpłata jest wyższa niż należna kwota zobowiązania podatkowego, jak i nienależnie uiszczone - tzn. gdy podatnik świadczy kwotę pieniężną, mimo że nie jest do tego zobowiązany. W sytuacji zapłaty opłaty skarbowej pomimo braku ustawowego obowiązku lub uiszczenia jej w wyższej wysokości, przepisy Ordynacji podatkowej zawierają rozwiązania prawne umożliwiające odzyskanie niniejszej kwoty. Ordynacja podatkowa pozwala na dokonanie przez gminę zwrotu nienależnej opłaty skarbowej poprzez stwierdzenie nadpłaty podatku. W myśl przepisu art. 75 § 1 Ordynacji podatkowej , jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania podatku albo jego wysokość, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Stwierdzenie nadpłaty w opłacie skarbowej nie jest możliwe z urzędu i każdorazowo wymaga złożenia przez zainteresowanego odpowiedniego wniosku. Wniosek należy złożyć do właściwego organu podatkowego. Stosownie do treści przepisu art. 12 ust. 1 ustawy o opłacie skarbowej, organem podatkowym właściwym w sprawach opłaty skarbowej jest wójt (burmistrz lub prezydent miasta). Wystąpienie przez określone podmioty ze stosownym wnioskiem, nakłada na jednostkę samorządu terytorialnego obowiązek wydania decyzji administracyjnej. Złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty w opłacie skarbowej wymagane jest także w przypadku uiszczenia opłaty na rzecz niewłaściwej jednostki samorządu terytorialnego. Podkreślić należy, iż zarówno przepisy ustawy o opłacie skarbowej jak i Ordynacji podatkowej nie zawierają rozwiązań prawnych, umożliwiających przekazanie dokonanej opłaty skarbowej przez jedną gminę, faktycznemu i prawnemu beneficjentem tej należności tj. właściwej jednostce samorządu terytorialnego.
Realizując obowiązki wynikające z ustawy o opłacie skarbowej , pamiętać należy, iż nie każdy rodzaj sprawy wymaga zapłaty daniny publicznej. Jednakże wniesienie opłaty skarbowej pomimo braku ustawowego obowiązku, w wyższej od wymaganej wysokości lub na rzecz niewłaściwej jednostki samorządu terytorialnego, nie jest tożsame z utratą środków pieniężnych. Przywołana argumentacja wskazuje, iż przepisy obowiązujących ustaw, przewidują możliwość ich odzyskania.

Pisaliśmy o tym również:
Kiedy należy uiścić opłatę skarbową

Przydatne materiały:
 Ustawa z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej (Dz. U. Nr 225, poz. 1635 z późn. zm.)
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.)