Spółka świadczy usługi w zakresie reklamy, promocji i marketingu produktów leczniczych, wyrobów medycznych, kosmetyków i suplementów diety. W celu realizacji tych usług spółka zatrudnia na podstawie umowy o pracę przedstawicieli medycznych i farmaceutycznych, którzy podejmują działania reklamowe w odniesieniu do produktów. Ze względu na charakter podejmowanych działań zarówno przez przedstawicieli, jak i koordynatorów, ich praca realizowana jest w różnych miejscach właściwych dla wykonywania pracy przez lekarzy (szpitale, gabinety, przychodnie) czy farmaceutów (apteka). W konsekwencji typowa umowa o pracę pomiędzy spółką a przedstawicielem (koordynatorem) określa, że miejscem świadczenia pracy przez przedstawiciela (koordynatora) jest albo region obejmujący teren jednego lub kilku województw albo siedziba spółki. Spółka zwróciła do izby skarbowej z wnioskiem o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa i odpowiedź na pytanie czy w sytuacji, gdy nie jest w stanie określić dokładnego miejsca wykonywania czynności służbowych przez przedstawicieli (koordynatorów) w ramach umowy o pracę, ciąży na niej obowiązek składania formularza CIT-ST.

W interpretacji indywidualnej Minister Finansów podkreślił, że - dla potrzeb ustalenia dochodów z tytułu udziału jednostek samorządu terytorialnego we wpływach z podatku dochodowego od osób prawnych - wyodrębnionym organizacyjnie zakładem jest określone w umowie o pracę z konkretnym pracownikiem miejsce świadczenia pracy. W ocenie organu nie ma więc znaczenia, czy w danym miejscu świadczenia pracy znajduje się biuro oddziału (zakładu). Istotne jest natomiast, aby miejsce świadczenia pracy określone było w umowie o pracę i aby położone było na obszarze jednostki samorządu terytorialnego innej niż jednostka samorządu terytorialnego właściwa dla siedziby podatnika. W konsekwencji, jeżeli w umowie jako miejsce świadczenia pracy wskazana została siedziba podatnika, to informacji CIT-ST składać nie trzeba. Jeżeli z takiej umowy wynika, że miejscem świadczenia pracy jest inna jednostka samorządu terytorialnego, to podatnik taką informację złożyć powinien.

Powyższa interpretacja Ministra Finansów stała się przedmiotem skargi spółki do WSA. W uzasadnieniu skargi spółka podkreśliła, że jej przedstawiciele pokonują codziennie kilkadziesiąt kilometrów, aby dotrzeć na spotkania z farmaceutami i lekarzami, bądź odwiedzić apteki i hurtownie farmaceutyczne. W tej sytuacji wbrew założeniu zawartemu w interpretacji, monitorowanie ile czasu w danym miesiącu przedstawiciel spędził na terenie danej gminy jest w praktyce niemożliwe. Dlatego w ocenie spółki w przypadku, gdy miejscem wykonywania pracy przez przedstawiciela (koordynatora) jest teren jednego lub kilku województw lub gdy pracownicy zostają delegowani do wykonywania obowiązków wynikających z umowy poza regionem województwa/województw lub siedzibą spółki, należy przyjąć, iż miejscem, w którym pracownik wykonuje swoja pracę jest siedziba spółki.

W odpowiedzi na skargę Minister Finansów wniósł o jej oddalenie podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej interpretacji indywidualnej.

WSA rozpatrując skargę przypomniał, iż zgodnie z art. 28 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych podatnicy posiadający zakłady (oddziały) położone na obszarze jednostki samorządu terytorialnego innej niż właściwa dla ich siedziby są obowiązani składać do urzędu skarbowego w terminie wpłat zaliczek miesięcznych lub kwartalnych oraz załączać do zeznania o wysokości dochodu (straty) informacje, sporządzone zgodnie z odrębnymi przepisami, w celu ustalenia dochodów z tytułu udziału jednostek samorządu terytorialnego we wpływach z podatku dochodowego od osób prawnych. Z przepisu tego jednoznacznie wynika, że podstawową przesłanką powstania obowiązku formularza CIT-ST przez podatnika jest posiadanie zakładu (oddziału) na terenie innej jednostki samorządu terytorialnego, niż właściwa dla jego siedziby.

Wbrew twierdzeniom Ministra Finansów, WSA uznał, że zakładem (oddziałem) podatnika jest wyodrębniona organizacyjnie część struktury podatnika, będącego osobą prawną, wyposażona w odpowiedni substrat ludzki, zorganizowana na zasadach ustalonych w regulacjach wewnętrznych tej osoby prawnej. Takim zakładem (oddziałem) podatnika nie może być wyłącznie miejsce wykonywania pracy, o którym mowa w art. 10 ust. 3 ustawy o dochodach jednostek samorządu terytorialnego , ponieważ trudno jest uznać za część struktury osoby prawnej wyłącznie miejsce wykonywania pracy pracownika (pracowników) tej osoby prawnej określone w umowie o pracę. Tym bardziej nie do przyjęcia jest założenie, iż zakładem (oddziałem) osoby prawnej może być osoba fizyczna, będąca pracownikiem podatnika. Wprawdzie ustawodawca w art. 10 ust. 3 ustawy o dochodach jednostek samorządu terytorialnego  posługuje się pojęciem "miejsca wykonywania pracy określone w umowie o pracę" w celu zdefiniowania zakładu (oddziału), jednakże – jak podano już wyżej – w celu ustalenia właściwej treści normatywnej zawartej w art. 28 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz art. 10 ustawy o dochodach jednostek samorządu terytorialnego przepisy te należy odczytywać łącznie. Doprecyzowanie pojęcia zakładu (oddziału) jako odpowiedniej lokalizacji ma bardzo istotne znaczenie ustawowe i jest uzasadnione koniecznością ustalenia nie tylko lokalizacji tego oddziału, ale także liczby zatrudnionych w nim pracowników. W oparciu bowiem o ww. liczbę pracowników zakładu (oddziału) obliczana jest część dochodu z tytułu udziału we wpływach z podatku CIT, która jest przekazywana do budżetu jednostki samorządu terytorialnego, na której obszarze znajduje się ten zakład (oddział). WSA podkreślił, że zakład (oddział) powinien być wyodrębniony organizacyjnie, aby możliwe było powiązanie konkretnego zakładu z zatrudnionym w nim konkretnym pracownikiem. W sytuacji, gdy spółka nie dysponuje wyodrębnionymi oddziałami i nie jest w stanie określić dokładnego miejsca wykonywania czynności służbowych przez przedstawiciela (koordynatora) w ramach umowy o pracę, nie ma ona obowiązku składania deklaracji CIT-ST.

Przydatne materiały:
 Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn. Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.)
Ustawa z 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego (t. j. Dz. U. z 2010 r. Nr 80, poz. 526 ze zm.)