Kwestią wymagającą rozstrzygnięcia było to, czy opłata skarbowa od zaświadczenia VAT-25 (zaświadczenie potwierdzające brak obowiązku uiszczenia podatku od towarów i usług z tytułu nabycia środka transportu) jest opłatą za czynności administracyjne, czy też stanowi dyskryminujący podatek wewnętrzny zakazany przez art. 90 TWE.
Należy przypomnieć, że zaświadczenie potwierdzające brak obowiązku uiszczenia podatku od wewnątrzwspólnotowego nabycia środka transportu dotyczy w szczególności przypadku sprowadzenia używanego środka transportu przez podmiot niebędący podatnikiem VAT. Uzyskanie takiego zaświadczenia jest konieczne dla zarejestrowania pojazdu (art. 72 ust. 1 pkt 8 ustawy - Prawo o ruchu drogowym w związku z art. 105 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT). Opłata skarbowa za wydanie takiego zaświadczenia zgodnie z pkt 11 części II załącznika do ustawy o opłacie skarbowej wynosi obecnie 160 zł.
Samorządowe Kolegium Odwoławcze, jako organ skarżony w niniejszej sprawie wskazało, że przepis art. 105 pkt 2 ustawy o VAT w zw. z załącznikiem do ustawy o opłacie skarbowej narusza przepis art. 90 ust. 1 TWE, mówiący o zakazie dyskryminacji jakichkolwiek towarów w obrębie Wspólnoty Europejskiej. SKO wyjaśniło, że gdy pomiędzy przepisami krajowymi i prawem wspólnotowym zachodzi sprzeczność, winna być ona, zgodnie z zasadą pierwszeństwa i bezpośredniego stosowania, rozstrzygnięta poprzez zastosowanie prawa wspólnotowego. W ocenie SKO organ podatkowy dokonując poboru opłaty skarbowej, powinien więc uwzględnić z urzędu treść art. 90 TWE.
NSA po rozpatrzeniu skargi kasacyjnej wskazał jednak, że art. 90 TWE zakazał nakładać bezpośrednio lub pośrednio na towary pochodzące z innych państw członkowskich Unii Europejskiej jakichkolwiek podatków wewnętrznych wyższych od tych, które nakładane są na podobne towary krajowe. Skoro opłata skarbowa jest ponoszona z racji dokonania konkretnej czynności administracyjnej (wykonania świadczenia na rzecz występującego o wydanie zaświadczenia), a nie jest podatkiem nakładanym na towar pochodzący z innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej, nie sposób mówić o naruszeniu art. 90 TWE przez jego błędną wykładnię. Poza tym sąd wskazał, że wysokość opłaty nie jest związana z wartością towaru i nie oddziałuje na ostateczną cenę towaru tak, aby można było postawić skuteczny zarzut dyskryminacji danego produktu (eliminowania konkurencji z produktami rodzimymi). Od obciążeń typu podatkowego (w rozumieniu art. 90 TWE) trzeba zatem odróżnić obciążenia stanowiące pochodną wykonywania rozmaitych zadań w dziedzinie reglamentacji administracyjnej, wymagających ponoszenia ich kosztów przez podmioty zainteresowane, w tym osoby występujące o wydanie określonego zaświadczenia. Tym samym opłata skarbowa pobrana w związku z wydaniem zaświadczenia VAT-25 nie stanowi obciążenia podatkowego w rozumieniu art. 90 TWE.