Ustawa o systemie informacji oświatowej nie precyzuje do końca, jakie dane będą gromadzone w SIO. Jako że część z nich regulują akty rangi podustawowej, zawiera jedynie delegację ustawową dla ministra oświaty do doprecyzowania tej kwestii w drodze rozporządzenia.
Rozporządzenie Ministra Edukacji Narodowej z dnia 20 grudnia 2012 r. w sprawie szczegółowego zakresu danych dziedzinowych gromadzonych w systemie informacji oświatowej oraz terminów przekazywania niektórych danych do bazy danych systemu informacji oświatowej (Dz. U. poz. 1547) doprecyzowuje m.in. zakres danych dotyczących powierzchni gruntów, pomieszczeń oraz wyposażenia szkoły, które gromadzi się w systemie (szczegółowo określono np. rodzaje terenów sportowych należących do placówki).
W systemie znajdą się także informacje o salach, w których odbywają się zajęcia z uczniami (z wyszczególnieniem pracowni przedmiotowych, hal sportowych i sal o powierzchni mniejszej), oraz dane o wyposażeniu szkół, takim jak pomoce dydaktyczne, komputery, sieciowe zasoby elektroniczne, czy materiały zdigitalizowane przez bibliotekę.
Do 9 kwietnia 2013 r. podmioty zobowiązane do przekazywania danych do bazy danych SIO przekazywać będą według stanu na 31 marca 2013 r.: dane dziedzinowe – do zbiorów danych szkół i placówek oświatowych, dane identyfikacyjne i dane dziedzinowe – do zbiorów danych innych jednostek wykonujących zadania z zakresu oświaty oraz dane identyfikacyjne i dane dziedzinowe – do zbiorów danych uczniów i zbiorów danych nauczycieli.