Rozbieżność w wykładni prawa zarysowała się w samym orzecznictwie Sądu Najwyższego. Problem powstał przy merytorycznym rozpoznaniu skargi na przewlekłość postępowania przygotowawczego. Pojawiły się w tej kwestii dwa przeciwstawne stanowiska w interpretacji przepisu "Skargę o stwierdzenie, że w postępowaniu, którego skarga dotyczy, nastąpiła przewlekłość postępowania, wnosi się w toku postępowania w sprawie”(art.5 ust.1 ustawy). Koniec toku postępowania był różnie rozumiany.

Skarga po umorzeniu musi być oddalona
Pierwsze stanowisko zaprezentowane zostało w wyrokach z 8 września 2010 r. (sygn. WSP 9/10, WSP 12/10), oraz z 13 października 2010 (sygn. WSP 14/10) oraz w zdaniu odrębnym do postanowienia z 18 listopada 2010 r. (sygn. WSP 16/10). Sąd Najwyższy stwierdził we wszystkich tych sprawach, że skarga na przewlekłość postępowania przygotowawczego złożona po jego umorzeniu, ale przed uprawomocnieniem się postanowienia w tym przedmiocie, nie podlega rozpoznaniu jako wniesiona po terminie.
Uzasadniając powyższe stanowisko podniesiono m.in., iż określony w art. 5 ust. 1 ustawy z 17 czerwca 2004 r. o skardze na naruszenie prawa strony do rozpoznania sprawy w postępowaniu przygotowawczym prowadzonym lub nadzorowanym przez prokuratora i postępowaniu sądowym bez nieuzasadnionej zwłoki (Dz. U. Nr 179, poz. 1843 z późn. zm., cyt. dalej jako ustawa o skardze)termin do wniesienia skargi wyrażony w słowach „w toku postępowania”, jest zachowany, jeżeli została ona złożona na tym etapie postępowania karnego, którego dotyczy. Wskazano również, że czas teraźniejszy, jakim posłużył się ustawodawca zwłaszcza w art. 2 ust. 1 ustawy o skardze oznacza, iż przepis ten odwołuje się do stanu istniejącego w chwili wniesienia skargi. Ocena dokonywana przez sąd właściwy do jej rozpoznania nie dotyczy zatem wcześniejszych etapów postępowania karnego.

Do prawomocnego zakończenia postępowania
Zasadniczo odmienne poglądy zaprezentowano w postanowieniach Sądu Najwyższego z 21 lipca 2009 r. (sygn. WSP 1/09, OSNKW 2009, nr 9, poz. 79), 14 kwietnia 2010 r. (sygn. WSP 4/10), 7 października 2010 r. (sygn. WSP 11/10), 18 listopada 2010 r. (sygn. WSP 16/10). Stwierdzono w nich, że zakreślony w art. 5 ust. ustawy o skardze w wyrazach „w toku postępowania” termin do wniesienia skargi na przewlekłość postępowania przygotowawczego jest zachowany, jeżeli skarga została wniesiona do czasu prawomocnego zakończenia postępowania. Zakwestionowano tym samym tezę o niedopuszczalności skargi złożonej po podjęciu decyzji o umorzeniu postępowania, ale przed jej uprawomocnieniem się. Podkreślano, że stanowisko takie deprecjonuje kryterium prawomocności, a po ewentualnym uchyleniu przez sąd postanowienia o umorzeniu postępowania przygotowawczego toczy się ono nadal.
Zwrócono również uwagę, że ustawą z dnia 20 lutego 2009 r. o zmianie ustawy o skardze na naruszenie prawa strony do rozpoznania sprawy w postępowaniu sądowym bez nieuzasadnionej zwłoki (Dz. U. Nr 61, poz. 498) wprowadzono szereg bardzo istotnych zmian, nakazujących dokonanie ponownej interpretacji m. in. znaczenia terminu do wniesienia skargi, określonego w art. 5 ust. 1 ustawy o skardze w wyrazach „w toku postępowania”. Jednym z posunięć ustawodawcy było znowelizowanie przepisów art. 4 ustawy o skardze przez dodanie ustępów 1 a i 1 b , w których określono właściwość sądu apelacyjnego dla skarg wniesionych na przewlekłość postępowania przed sądem rejonowym i sądem okręgowym oraz przed sądem okręgowym i sądem apelacyjnym. Zmiana ta ma o tyle istotne znaczenie, że wymusza merytoryczne rozpoznanie skargi nawet wówczas, gdy postępowanie, którego skarga dotyczy, zostało nieprawomocnie zakończone. Podważano także argumentację opartą na kryterium celu ustawy. Stwierdzono bowiem, że poza potrzebą nadania sprawie sprawnego biegu, istotnym celem, jaki realizuje ustawa o skardze, jest zadośćuczynienie stronie, której prawo do rozpoznania sprawy bez nieuzasadnionej zwłoki zostało naruszone.
Naczelny Prokurator Wojskowy Jarosław Ciepłowski opowiedział się za tym, by koniec toku postępowania przygotowawczego rozumieć jako czas po umorzeniu postępowania, jeszcze przed uprawomocnieniem się tego postanowienia. Ponadto takie postanowienie, gdyby zostało zaskarżone, mogłoby otwierać drogę do wniesienia skargi na przewlekłość.

Uchwała siedmiu sędziów
SN nie zgodził się ze stanowiskiem prokuratora. Podjął 31 marca następującą uchwałę: tok postępowania przygotowawczego w rozumieniu art.5 ust1 ustawy z 17 czerwca 2004 r. o skardze na naruszenie prawa strony do rozpoznania sprawy w postępowaniu przygotowawczym prowadzonym lub nadzorowanym przez prokuratora i postępowaniu sądowym bez nieuzasadnionej zwłoki kończy się uprawomocnieniem postanowienia o umorzeniu. Zdaniem składu 7 sędziów podjęcie takiej uchwały było konieczne, aby ujednolicić orzecznictwo SN i sądów powszechnych. 
Sędzia  sprawozdawca zwrócił uwagę na cele ustawy: cel prewencyjny i cel kompensacyjny. - W dzisiejszej uchwale SN nie negując celu prewencyjnego, jaki przyświecał idei stworzenia ustawy o skardze, podkreślił cel kompensacyjny – mówił sędzia sprawozdawca. Takie zadośćuczynienie za przewlekłość należy się stronom na podstawie Konwencji Praw Człowieka i jej art.13.
Za tego rodzaju wnioskiem przemawia sama ustawa o skardze. Skarżący może się domagać rekompensaty za przewlekłość, przynajmniej w wysokości 2 tys. złotych (maksymalnie – 20 tys. zł). Ustawa nakazuje też obowiązek naprawienia szkody wynikłej z przewlekłości po prawomocnym zakończeniu postępowania. Te unormowania wskazują na kompensację.
Prewencja jednak ma ograniczenia. Otóż dochodzić zadośćuczynienia można tylko w postępowaniu, w którym do przewlekłości doszło. Prewencyjnie ustawa może działać na przyszłość. Zdaniem SN w postępowaniu sądowym nieprawomocne orzeczenie podlega zaskarżeniu skargą na przewlekłość. Wobec  tego nie można wywodzić, że postępowanie sądowe nie ma znaczenia dla postępowania przygotowawczego. Wprost odwrotnie trzeba stosować tę samą wykładnię. Odmienne interpretowanie przepisu w zależności od etapu postępowania doprowadziłoby do zróżnicowania uprawnień stron.
Zdaniem SN zaproponowane przez Naczelnego Prokuratora Wojskowego wyjście z sytuacji jest obarczone błędnym założeniem. Dlatego, że skarga na przewlekłość postępowania nie jest ani środkiem odwoławczym, ani środkiem zaskarżenia. Jest ona środkiem prawnym, który ma własną samodzielną podstawę materialno-prawną. Na gruncie postępowania karnego należy ją traktować jako autonomiczną regulację prawną.  Propozycja możliwości przywrócenia terminu do ponownego uruchomienia skargi o umorzeniu postępowania karnego jest nietrafna, gdyż jest to termin nie przywracalny, prekluzyjny. Tak jak nie da się przywrócić toku postępowania. Gdyby nieprawomocność postępowania przygotowawczego zamykała tok postępowania, to z logicznego z punktu widzenia byłoby niemożliwe – zaznaczył sędzia Tomczyk.-Prawomocność umorzenia postępowania przygotowawczego kończy tok tego postępowania i  wyznacza granice dopuszczalności skargi.
Wykładnia Naczelnego Prokuratora Wojskowego odbiega od niekwestionowanego rozumienia art.6 i 13 Konwencji Praw Człowieka oraz ar.45 ust 1.Konstytucji RP.

Sygn. akt WZP 2/10