W wyroku z 9 kwietnia 2009 r. (sygn. akt II OSK 532/08) Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, iż za utrwalony w orzecznictwie sądowym oraz doktrynie prawniczej należy uznać pogląd, „(...) zgodnie z którym przepis art. 51 Prawa budowlanego nie wiąże wydania na jego podstawie decyzji umożliwiającej legalizację wykonanych robót
budowlanych z prawem inwestora do terenu. Doprowadzenie do zgodności z prawem wykonanych już robót budowlanych na podstawie art. 51 Prawa budowlanego powinno
nastąpić w zakresie wymagań wynikających z prawa administracyjnego, a nie cywilnego. W rezultacie może więc dojść do zalegalizowania robót budowlanych wykonanych z
naruszeniem praw współwłaścicieli nieruchomości. Nie pozbawia to jednak możliwości skorzystania przez niego z ochrony przewidzianej w przepisach Kodeksu cywilnego. W takim przypadku pokrzywdzony może jednak dochodzić swoich praw przed sądem powszechnym.
Z kolei w wyroku z 17 czerwca 2009 r. (sygn. akt II OSK 967/08) Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że analiza art. 51 Prawa budowlanego „(...) w świetle innych norm prawnych określających wymogi, jakie powinny być spełnione, zarówno aby określona inwestycja budowlana mogła być prowadzona legalnie, jak i aby zalegalizowanie robót budowlanych wykonanych bez pozwolenia na budowę lub zgłoszenia było możliwe, prowadzi bowiem do wniosku, że także w postępowaniu naprawczym prowadzonym w trybie tego przepisu konieczne jest sprawdzenie przez organ nadzoru budowlanego, czy inwestor posiada prawo do dysponowania nieruchomością na cele budowlane.
Problem dla NSA: Samowola budowlana na cudzym gruncie?
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego są rozbieżności dotyczące tego, czy organ nadzoru budowlanego prowadząc postępowanie administracyjne w sprawie legalizacji wykonanych robót budowlanych powinien objąć swoimi ustaleniami to, czy inwestor posiada prawo do dysponowania nieruchomością na cele budowlane. Zastępca rzecznika praw obywatelskich skierował do NSA wniosek o jednoznaczne rozstrzygnięcie tego zagadnienia prawnego.