Ustawa 5 marca 2010 r. o zmianie  ustawy o kontroli skarbowej (Dz.U. Nr 76, poz. 492)  wprowadza dwie niezwykle istotne zmiany. Ich celem jest zrównanie praw podatników kontrolowanych przez organy podatkowe i organy kontroli skarbowej w zakresie naliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych. Po pierwsze, do ustawy o kontroli skarbowej została wprowadzona regulacja mówiąca o tym, że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji wydanej w I instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego. Jednakże ww. wyłączenie naliczania odsetek nie znajduje zastosowania, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Druga zmiana polega na rozszerzeniu możliwości posiłkowego stosowania przepisów Ordynacji Podatkowej, w zakresie nieuregulowanym w ustawie o kontroli skarbowej, o art. 54 tej ustawy – regulujący sytuacje, w których nie nalicza się odsetek za zwłokę.
W obecnym stanie prawnym postępowanie podatkowe o charakterze weryfikacyjnym może być bowiem prowadzone zarówno przez organy podatkowe I instancji (według reżimu określonego w Ordynacji Podatkowej), jak i przez organy kontroli skarbowej (według reżimu określonego w ustawie o kontroli skarbowej z posiłkowym stosowaniem regulacji zawartych w Ordynacji Podatkowej). Od 2003 r., aż do wczoraj, stosowanie art. 54 Ordynacji Podatkowej, który minimalizuje konsekwencje przedłużenia postępowania przez organy, było wyłączone w stosunku do podatników, wobec których postępowanie podatkowe prowadziły organy kontroli skarbowej. W rezultacie, podatnicy, u których zjawili się inspektorzy z urzędu kontroli skarbowej, odpowiadali nie tylko za własne działania skutkujące nieuzasadnionym przedłużaniem postępowania, lecz również za opieszałość samych organów kontroli skarbowej. „W doktrynie już od dłuższego czasu zwracano uwagę, iż takie różne traktowanie podatników tylko ze względu na fakt, że postępowanie wobec nich prowadzi organ kontroli skarbowej, a nie organ podatkowy I instancji, nie znajdowało uzasadnienia i godziło w konstytucyjne zasady sprawiedliwości i równości. W świetle powyższego, zmiany wprowadzone omawianą nowelą należy ocenić zdecydowanie pozytywnie” – komentuje Michał Kłos, doradca podatkowy Deloitte, specjalista w zakresie postępowań podatkowych i sądowo-administracyjnych.
Z danych Ministerstwa Finansów wynika, iż w I kwartale 2010 r., organy kontroli skarbowej przeprowadziły już 2.226 postępowań kontrolnych i ujawniły nieprawidłowości na kwotę 494 mln zł (w 2009 r. łącznie przeprowadzono 10.168 postępowań). „Warto zauważyć, iż z roku na rok rośnie skuteczność organów podatkowych. Przykładowo średnie kwota ustaleń przypadających na jedną kontrolę w 2009 r. wyniosła 239.025 zł, co stanowiło odpowiednio więcej o 48 proc. i 52 proc. w stosunku do 2008 r. i 2007 r.” - wskazuje Inga Jędrzejewska, doradca podatkowy Deloitte, specjalista w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych.