Podatnicy VAT są zobowiązani przed dokonaniem pierwszej czynności złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne VAT-R. Naczelnik urzędu skarbowego rejestruje podatnika i potwierdza jego zarejestrowanie (VAT-5) jako "podatnika VAT czynnego" lub "podatnika VAT zwolnionego".
Od czynności urzędowej polegającej na potwierdzeniu zarejestrowania podatnika VAT pobierana jest opłata skarbowa w wysokości 170 zł. Obowiązek uiszczenia tej opłaty powstaje z chwilą złożenia zgłoszenia i uiszcza ją sam przedsiębiorca. Opłata jest przychodem właściwej miejscowo gminy.
W projekcie przedstawionym przez Ministerstwo Gospodarki zaproponowano zniesienie tej opłaty. Zdaniem projektodawców obniżyłoby to koszty rozpoczęcia działalności gospodarczej. Dodatkowym argumentem jest to, że obecnie zgłoszenia rejestracyjnego lub aktualizacyjnego VAT można dokonać w formie elektronicznej, wraz z wnioskiem do CEiDG. W związku z czym przyjęcie zgłoszenia przez organ podatkowy nie nakłada na ten organ dodatkowej pracy.
