Do końca 2013 r. spółki komandytowo-akcyjne - tak jak inne spółki osobowe - nie są podatnikami podatku dochodowego. Podatnikami tego podatku są wspólnicy tych spółek. Jak jednocześnie orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 16 stycznia 2012 r. (I FPS 1/11), „przychód akcjonariusza spółki komandytowo-akcyjnej niebędącego komplementariuszem z tytułu dywidendy wypłaconej na podstawie uchwały walnego zgromadzenia o podziale zysku podlega opodatkowaniu w dniu faktycznego otrzymania dywidendy".
Powoduje to, że w części przypadającej na akcjonariuszy bieżące dochody spółek komandytowo-akcyjnych nie są opodatkowane podatkiem dochodowym. Dochody te są opodatkowane dopiero z chwilą podziału tych dochodów między akcjonariuszy spółek-komandytowo akcyjnych. Czyni to spółki komandytowo-akcyjne bardzo atrakcyjną formą prowadzenia działalności gospodarczej (prowadzenie działalności gospodarczej w tej formie stanowi obecnie jeden z najczęściej stosowanych instrumentów optymalizacji podatkowej).
Ustawa nowelizująca przewiduje zmianę tego stanu rzeczy przez uznanie spółek komandytowo-akcyjnych za podatników podatku dochodowego od osób prawnych. Spowoduje to, że bieżące dochody spółek komandytowo-akcyjnych będą opodatkowane podatkiem dochodowym od osób prawnych (na takich samych zasadach jak dochody spółek kapitałowych).
Co więcej, niezależnie od opodatkowania CIT spółek komandytowo-akcyjnych, opodatkowane podatkiem dochodowym (zależnie od rodzaju osobowości wspólnika – podatkiem dochodowym od osób fizycznych albo podatkiem dochodowym od osób prawnych) będą kwoty wypłacane wspólnikom (np. dywidendy wypłacane przez spółki komandytowo-akcyjne) te spółki. Dochody spółek komandytowo-akcyjnych będą zatem w istocie dwukrotnie opodatkowane – raz na etapie ich osiągania przez spółki, drugi raz na etapie podziału zysku między wspólników, w tym akcjonariuszy (tak jak dochody spółek kapitałowych).
Zmiana powyższa niewątpliwie spowoduje zmniejszenie zainteresowania spółkami komandytowo-akcyjnymi jako formą prowadzenia działalności gospodarczej. Wspólnicy, których jedynym celem prowadzenia działalności gospodarczej w formie takiej spółki były korzyści podatkowe, powinni przygotować się na przekształcenie w inną spółkę osobową albo kapitałową.
Pierwotnie zmiany powyższe miały wejść w życie 1 stycznia 2013 r. Terminu tego nie udało się dotrzymać i został w kolejnych projektach przesunięty na 1 stycznia 2014 r. i od tego dnia spółki komandytowo-akcyjne staną się podatnikami podatku dochodowego od osób prawnych (ze wskazanymi powyżej konsekwencjami).
Podatnikami od 1 stycznia 2014 r. nie staną się natomiast spółki komandytowe. Wniesiony do Sejmu projekt ustawy nowelizującej przewidywał co prawda takie rozwiązanie, lecz w trakcie sejmowych prac nad projektem zrezygnowano z tego pomysłu.