Nazwy inkubator przedsiębiorczości używają podmioty działające w różnej formie prawnej (np. fundacja, stowarzyszenie), których celem jest wspieranie przedsiębiorczości. Z informacji zawartych w interpelacji wynika, iż osoby osoby fizyczne objęte programem inkubacji są zatrudniane przez podmiot prowadzący program na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło. Osoby te prowadzą wyodrębnioną w sensie rachunkowym działalność, współpracując z ekspertami inkubatora. Natomiast działalność na zewnątrz prowadzona jest nie przez osobę fizyczną – beneficjenta programu, ale przez podmiot prowadzący program inkubacji. To inkubator wystawia faktury, zajmuje się windykacją należności, nabywa niezbędne towary i usługi do prowadzenia działalności oraz przejmuje na siebie ryzyko prowadzenia tej działalności.
Na gruncie podatku dochodowego przychody uzyskiwane w ramach prowadzonych przez inkubator poszczególnych przedsięwzięć uczestników programu są przychodami inkubatora. Co za tym idzie, również koszty związane z tymi przychodami są kosztami inkubatora, a nie osoby fizycznej. Minister podkreślił, że do kosztów tych zalicza się także wynagrodzenie osoby fizycznej - uczestnika programu.
Natomiast to, czy osoby fizyczne objęte programem inkubacji w odniesieniu do wykonywanych przez nie czynności w ramach tego programu są uznane za podatników VAT, czy nie, wymagałoby przeanalizowania stosunków prawnych łączących je z inkubatorem, bowiem nie wszystkie czynności wykonywane przez osoby fizyczne traktuje się jako wykonywaną samodzielnie działalność gospodarczą.
Ponadto minister zaznaczył, że uznanie, iż to inkubator jest podatnikiem VAT w odniesieniu do czynności wykonywanych przez uczestników programu, które są nabywane przez osoby trzecie, nie wyklucza sytuacji, w której świadczenia realizowane przez inkubator na rzecz uczestników mogłyby podlegać opodatkowaniu.