Sprawa dotyczyła mężczyzny, który pracował w Szwajcarii i odprowadzał tam składki na emeryturę w ramach II filaru. Mężczyzna planował wrócić do Polski i jednocześnie złożyć w Szwajcarii wniosek o emeryturę. Chciał, by część zgromadzonych środków wypłacono mu jednorazowo, a resztę w formie miesięcznych wypłat emerytury.

Nie miał pewności, czy od tych wypłat będzie musiał zapłacić podatek dochodowy w Polsce i dlatego spytał o to izbę skarbową. Sadził, że nie zapłaci podatku, tak jak nie zapłaciłby w Polsce od emerytury wypłacanej z indywidualnego konta emerytalnego.

Izba Skarbowa w Warszawie odpowiedziała, że to nie to samo. Uznała, że mężczyzna dostanie zwrot środków z konta emerytalnego, a to nie to samo, co wypłaty z indywidualnego konta emerytalnego. Poza tym - jak stwierdziła - zwolnienie obejmuje tylko programy emerytalne w państwach UE, a nie z funduszu szwajcarskiego i dlatego od emerytury ze Szwajcarii trzeba zapłacić podatek.

Mężczyzna zaskarżył tę interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie. Argumentował, że Szwajcaria pobrała już podatek od pieniędzy, które przeznaczał na składki emerytalne i pobranie podatku w Polsce będzie oznaczało podwójne opodatkowanie. Wskazał także, że izba skarbowa nie mogła ograniczyć zwolnienia jedynie do emerytur wypłacanych z państw UE, bo z ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wcale to nie wynikało.

Krakowski sąd uznał te zarzuty za zasadne i uchylił decyzję izby. Sąd przyznał, że unijna dyrektywa dotycząca pracowniczych programów emerytalnych, którą Polska musiała wdrożyć, nie obejmuje Szwajcarii. Zwrócił jednak uwagę na to, że od 2002 r. pomiędzy Unią Europejską a Konfederacją Szwajcarską obowiązuje umowa międzynarodowa o swobodnym przepływie osób, nakazująca równe traktowanie obywateli stron tej umowy. Poza tym - jak wskazał WSA - w polskiej ustawie o PIT wprowadzono w 2011 r. przepis zwalniający z podatku również emerytury wypłacane z programu emerytalnego Konfederacji Szwajcarskiej.

Izba skarbowa wniosła skargę kasacyjną, twierdząc, że WSA niesłusznie rozszerzył wykładnię przepisu o zwolnieniu, który powinien być interpretowany ściśle. Sąd nie mógł też - zdaniem izby - powołać się na przepis wprowadzony do polskiej ustawy w 2011 r., bo rozpatrywana sprawa dotyczyła sytuacji jeszcze sprzed 2011 r.

W środę Naczelny Sąd Administracyjny oddalił kasację izby (sygn. II FSK 1816/11). Orzekł, że przepis wprowadzony w 2011 r. będzie miał w tym wypadku zastosowanie, ponieważ jedynie doprecyzowuje w ustawie obowiązujące na mocy wcześniejszej umowy międzynarodowej z 2002 r. zwolnienie od podatku szwajcarskich pracowniczych programów emerytalnych.