W przedmiotowej sprawie spółka, niezajmująca się obrotem wierzytelnościami, zbyła wierzytelność własną na rzecz podmiotu zajmującego się profesjonalnym obrotem wierzytelnościami. Zbywaną wierzytelność spółka zaliczyła uprzednio do przychodów należnych w kwocie netto. Cena sprzedaży została ustalona jednak na poziomie niższym niż wartość wierzytelności. Z tego powodu po stronie spółki powstała strata z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności. Spółka wniosła więc o potwierdzenie, że kosztem uzyskania przychodu z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności będzie nominalna wartość wierzytelności, a więc obejmująca również VAT.

Organ interpretacyjny stwierdził jednak, że w przypadku, gdy spółka zbywa wierzytelność "własną", zaliczoną uprzednio do przychodu należnego, stratą u spółki jest różnica między ceną określoną w zawartej umowie sprzedaży (ceną sprzedaży), a kwotą zaliczoną do przychodu należnego (wartością netto wierzytelności). Strata ta zarazem stanowić będzie u spółki koszt uzyskania przychodów. Spółka w wezwaniu do usunięcia naruszenia prawa zarzuciła organowi nieprawidłową wykładnię art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT i ograniczenie wysokości kosztów uzyskania przychodów z tytułu zbycia wierzytelności własnej.

Sprawa trafiła więc najpierw do WSA, a potem do NSA. I tak, już WSA we Wrocławiu w wyroku z 8 lipca 2010 r., I SA/Wr 401/10, LEX nr 673681 uznał, że stanowisko organu podatkowego jest nieprawidłowe, gdyż przychodem ze sprzedaży wierzytelności u osób prawnych, dla których obrót wierzytelnościami nie stanowi przedmiotu działalności gospodarczej, jest wartość wyrażona w cenie określonej w umowie sprzedaży. I nie ma znaczenia okoliczność, że wierzytelność ta do przychodów z działalności gospodarczej zaliczona została w kwocie netto, z pominięciem VAT, to jest w związku z art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy o CIT . W tym przypadku bowiem występują odrębne źródła przychodu, a zbywana wierzytelność nie jest tym samym co przychód należny z działalności gospodarczej. Wierzytelność obejmuje więc całą kwotę należności, w tym także VAT. A skoro spółka w celu uzyskania przychodu ze zbycia wierzytelności przeniesie tę wierzytelność na faktora, to tym samym uszczupli swój majątek o wartość nominalną tej wierzytelności, a zatem nominalna wartość wierzytelności (brutto) stanowić będzie u niej koszt uzyskania tego przychodu.

Z kolei NSA, do którego ostatecznie trafiła sprawa dodał, że ustawodawca uzależnił uznanie straty z odpłatnego zbycia wierzytelności za koszt podatkowy, od uprzedniego zarachowania jej do przychodu należnego na podstawie art. 12 ust. 3 ustawy o CIT . Nie przesądził natomiast co w przypadku jej zbycia jest kosztem podatkowym: wierzytelność, która obejmuje całą kwotę należności, czy przychód należny z tej wierzytelności. Wykładnia językowa, systemowa wewnętrzna jak i celowościowa przemawiają za przyjęciem, że kosztem uzyskania przychodów jest wierzytelność obejmująca całą kwotę należności wraz z VAT (brutto), o tę bowiem kwotę spółka zbywając wierzytelność w celu uzyskania przychodów uszczupli swój majątek. Nie może bowiem ulegać wątpliwości, że takiej kwoty podatnik – wierzyciel mógł żądać od swojego kontrahenta – dłużnika. Dzielenie więc w tym zakresie pojęcia "wierzytelność" na "przychód należny" i podatek VAT jest konstrukcją sztuczną i może prowadzić do zaniżenia rzeczywiście poniesionej przez podatnika straty.

Wyrok NSA z 31 maja 2012 r., II FSK 2273/10