Podmiot zobowiązany jest do przechowywania otrzymywanych komunikatów w sposób zapobiegający ich wykasowaniu w terminie odpowiednio właściwym dla przechowywania zgłoszeń w formie papierowej oraz uwzględniając termin właściwy dla przechowywania dokumentów dla celów rozliczania podatku VAT (art. 112 ustawy o VAT).

Jeżeli osoba uprawniona do korzystania z procedury ustanowiła przedstawiciela celnego, upoważniając go jednocześnie do m.in. przechowywania komunikatów elektronicznych związanych z realizacją zgłoszeń celnych, to ten przedstawiciel jest zobowiązany do przechowywania takich informacji, na rzecz i zamiast osoby uprawnionej do korzystania z procedury.

W przypadku przedstawicielstwa zainteresowane podmioty mogą umówić się odnośnie tego, kto z nich (osoba upoważniona do korzystania z procedury celnej czy przedstawiciel) będzie przechowywał zapisy z komunikatów na nośnikach danych, ale z zastrzeżeniem, że podmiot uprawniony do korzystania z procedury celnej powinien przechowywać, co najmniej:

a) w przypadku przywozu – komunikat PZC, tj. Poświadczone Zgłoszenie Celne, końcowy efekt obsługi przywozowego zgłoszenia celnego, zastępujący kartę 8 SAD (w przypadku gdy osobą uprawnioną do korzystania z procedury jest osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej, czyli niebędąca podatnikiem VAT, dopuszcza się, aby zamiast komunikatu zapisanego na nośniku przechowywała ona wydruk PZC),

b) w przypadku wywozu – komunikat IE 599, tj. końcowy efekt obsługi wywozowego zgłoszenia celnego, zastępujący Kartę 3 SAD (w przypadku gdy osobą uprawnioną do korzystania z procedury jest osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej, czyli niebędąca podatnikiem VAT, dopuszcza się, aby zamiast komunikatu zapisanego na nośniku przechowywała ona wydruk IE 599).

Niezmiennym pozostaje, że po zwolnieniu towaru podmiot uprawniony do korzystania z procedury celnej zobowiązany jest wraz z komunikatem/wydrukiem PZC, bądź IE 599 przechowywać wszystkie dokumenty na poparcie zgłoszenia celnego oraz akty administracyjne i sądowe dotyczące tego zgłoszenia celnego.

Przedstawione przez resort finansów zasady znajdą odzwierciedlenie w instrukcjach dotyczących obsługi zgłoszeń celnych składanych do systemów CELINA i ECS.