Takie stanowisko przedstawił Departament Podatku od Towarów i Usług w piśmie z 21 lutego 2012 r.
Każda osoba, która wprowadza do obrotu prawnego fikcyjną fakturę albo nieprawidłowo wystawioną fakturę ma obowiązek zapłaty wykazanego w niej podatku od towarów i usług. Zgodnie z obowiązującą linią orzecznictwa sądów administracyjnych podatek ten nie powinien być jednak rozliczany w deklaracji. Powinien zostać odrębnie wpłacony do urzędu skarbowego.
Departament Podatku od Towarów i Usług dostrzegając występujące problemy związane ze stosowaniem art. 108 ustawy o podatku od towarów i usług wyjaśnił, że w sytuacji, gdy podatnik jednak wystawił "fikcyjne" faktury, zaewidencjonował je w rejestrze sprzedaży prowadzonym dla potrzeb VAT, a wynikający z tych faktur podatek należny rozliczył w deklaracjach, podatnik ten powinien skorygować deklaracje i dokonać odrębnego rozliczenia VAT z nich wynikającego na podstawie art. 108 ustawy o VAT.
W przypadku kiedy podatnik dokonuje zapłaty kwoty podatku powołując bezpośrednio jako podstawę prawną art. 108 ustawy o podatku od towarów i usług (nie na podstawie decyzji), do zaewidencjonowania ww. kwoty w systemie POLTAX wykorzystać należy dokument ZOB-D z powodem wystawienia 9 - inny powód. W przypadku zaś, gdy podatnik nie dokonał wpłaty po wystawieniu faktury, a wysokość należnego podatku została określona decyzją organu podatkowego na podstawie ww. przepisu, wówczas należałoby zastosować dokument ZOB-PO.
Zupełnie odmienna jest sytuacja w przypadku zawyżenia VAT. W takiej sytuacji (gdy transakcja wystąpiła) nie ma podstaw, aby wyłączać ją z rozliczenia deklaracyjnego. Dla takiego przypadku został też przewidziany odrębny tryb korekty. Zgodnie z art. 29 ust. 4a i 4c ww. ustawy o podatku od towarów i usług, podatnik dopiero w przypadku wystawienia faktury korygującej i pod warunkiem posiadania potwierdzenia otrzymania korekty faktury przez nabywcę towaru lub usługi, dla którego wystawiono fakturę, może dokonać zmniejszenia podatku należnego.
Pismo Departamentu Podatku od Towarów i Usług z 21 lutego 2012 r., PT8/0680/253/MQR/11/KS/3441, LEX nr 129217