Kotrola podatkowa
Tak jak dotychczas kontrole podatkowe będą podlegać ograniczeniom z ustawy o swobodzie działalności gospodarczej Określone w niej gwarancje dla przedsiębiorców, w tym obowiązek zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, ograniczenie czasu trwania kontroli i zakaz równoczesnych kontroli zostają nie tylko zachowane, ale wprowadzono dodatkowe zabezpieczenia, takie jak zakaz ponownej kontroli w tej samej sprawie, możliwość wniesienia skargi do sądu administracyjnego na przewlekłe prowadzenie kontroli, czy obowiązek planowania i przeprowadzania kontroli po wcześniejszej analizie prawdopodobieństwa naruszenia prawa.
Kontrola celno-skarbowa
Jednak do walki z poważną przestępczością gospodarczą wprowadzony został nowy rodzaj kontroli. Kontrola celno-skarbowa dostaje kilka nowych uprawnień. W związku z tym, że wykrywanie i zwalczanie profesjonalnych struktur mafijnych to ciągły wyścig z czasem, kontrolerzy celno-skarbowi będą mogli np. sprawdzać takie podmioty bez wcześniejszego zawiadomienia.
KAS ma rozwiązywać większość spraw w trybie czynności sprawdzających. Zastosowanie nowych narzędzi, takich jak JPK, czy systemy analityczne, pozwoli na skuteczniej typować podmioty do kontroli. Oznacza to, że jeśli pojawi się podejrzenie o nieprawidłowości, to urzędnicy zwrócą się do podatnika z prośbą o wyjaśnienie, a ten będzie mógł złożyć deklarację korygującą. Dodatkowo kontrola celno-skarbowa nie może generalnie trwać dłużej niż 3 miesiące.