Zgodnie z ustawą o transporcie kolejowym, minister ds. transportu zapewnia środki na prowadzenie działalności Komisji i jej obsługę, w szczególności na wynagrodzenia jej członków, ekspertów, pracowników obsługi oraz wyposażenie techniczne, czy koszty ekspertyz. Rola MIB sprowadza się do obsługi organizacyjno-administracyjnej PKBWK, co w żadnym stopniu nie narusza niezależności Komisji. Wykonywanie przez Ministerstwo Infrastruktury i Budownictwa obsługi administracyjnej PKBWK ma na celu racjonalizację kosztów funkcjonowania tej instytucji.
Przepisy ustawy o transporcie kolejowym, pomimo że przewodniczącego PKBWK powołuje minister właściwy ds. transportu, pełnią funkcję gwarancyjną, uniemożliwiając ministrowi i każdemu innemu podmiotowi wpływanie na kształt postępowań prowadzonych przez PKBWK. Jakiekolwiek próby wpływania na sposób prowadzenia postępowań przez PKBWK byłoby niezgodne z ustawą, a także z art. 7 Konstytucji Rzeczpospolitej Polskiej, który stanowi, iż organy władzy publicznej działają na podstawie i w granicach prawa.
Również uprawnienia ministra właściwego do spraw transportu związane z powoływaniem i odwoływaniem Przewodniczącego PKBWK w sytuacji, w której minister wykonuje jednocześnie uprawnienia właścicielskie względem zarządcy infrastruktury, nie mogą zostać uznane za naruszenie art. 21 ust. 1 dyrektywy 2004/49/WE. Artykuł ten nie zakazuje powoływania i odwoływania członków krajowego organu dochodzeniowego przez ministra do spraw transportu w przypadku wykonywania przez niego jakichkolwiek zadań względem podmiotów rynku kolejowego.
Przepisy dyrektywy pozostawiają państwom członkowskim UE swobodę kształtowania relacji pomiędzy organem dochodzeniowym a ministrem właściwym ds. transportu. Potwierdza to praktyka przyjęta w większości państw członkowskich UE (m.in. w Wielkiej Brytanii, Niemczech Hiszpanii, Norwegii, Czechach, Danii, we Włoszech).
Zobacz także: Polska pozwana za niedostatki w przepisach o bezpieczeństwie na kolei>>