Od 1 lipca 2014 r. obowiązują zmienione przepisy unijne dotyczące nowych zasad udzielania krajowej pomocy regionalnej. Od tego momentu pomoc publiczna w ramach programu musi być zgodna z zasadami udzielania pomocy publicznej w UE określonymi w „Wytycznych w sprawie krajowej pomocy regionalnej na lata 2014-2020” lub „Rozporządzeniu Komisji (UE) nr 651/2014 z 17 czerwca 2014 r. uznającym niektóre rodzaje pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym w zastosowaniu art. 107 i 108 Traktatu.
Zmieniona uchwała aktualizuje program w tym zakresie oraz wprowadza elementy zwiększające jego atrakcyjność w obszarze wsparcia napływu inwestycji do Polski.
Najważniejsze zmiany dotyczą m.in.:
- dodania do listy sektorów priorytetowych: sektora rolno-spożywczego i biotechnologii zielonej jako trzeciej gałęzi biotechnologii kwalifikującej się do wsparcia;
- wprowadzenia szczegółowych kryteriów wyliczania wsparcia z tytułu kosztów kwalifikowanych dla projektów badawczo-rozwojowych. Wprowadzono ponadto jednoznaczny zapis, który wyklucza udzielenie wsparcia z tytułu kosztów kwalifikowanych dla nowej inwestycji inwestycjom realizowanym w sektorze nowoczesnych usług;
- wyłączenia możliwości zaliczania kosztów najmu do kosztów inwestycji w sektorze badawczo-rozwojowym i obniżenie z 1,5 do 1,0 mln zł minimalnego poziomu kosztów inwestycji wymaganego dla projektów badawczo-rozwojowych, ubiegających się o wsparcie z tytułu tworzenia nowych miejsc pracy.
Umowy zawierane z przedsiębiorcami w ramach Programu podlegają corocznym kontrolom realizowanym przez przedstawicieli ministra gospodarki. Wyniki tych kontroli (w postaci rocznych sprawozdań) są przedstawiane Radzie Ministrów nie później niż do 31 sierpnia roku następującego po okresie sprawozdawczym.