Projektodawcy proponują skrócenie czasu w jakim urzędy skarbowe dokonują zwrotu różnicy między podatkiem naliczonym a podatkiem należnym. Podstawowy termin zwrotu podatku miałby wynosić 30 dni (obecnie 60 dni).
W projekcie proponuje się ponadto skrócenie ze 180 dni do 60 dni terminu zwrotu podatku w przypadku gdy podatnik nie wykonał w okresie rozliczeniowym czynności opodatkowanych na terytorium kraju oraz czynności wymienionych w art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT.
Kolejną ze zmian jest obniżenie z 25 do 15 dni terminu zwrotu nadpłaconego podatku VAT, w przypadku gdy kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, wynikają z:
1) faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone,
2) dokumentów celnych, deklaracji importowej oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2 i 3 oraz w art. 34 ustawy o VAT, i zostały przez podatnika opłacone,
3) importu towarów rozliczanego zgodnie z art. 33a ustawy o VAT, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest usługobiorca, lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji.
Zaproponowane w projekcie zmiany mają obniżyć koszty obsługi podatku VAT ponoszone przez przedsiębiorców. Jak podkreślają projektodawcy, wpłynie to korzystnie na rozwój małych i średnich przedsiębiorstw.