Jak zauważa BCC, w sytuacji występującej na rynku silnej konkurencji cenowej, rentowność sprzedaży w sektorze handlu jest kilkakrotnie niższa niż w wielu innych sektorach. Projektowany podatek obrotowy oznacza  wprowadzenie dodatkowego podatku branżowego jedynie dla sektora handlu, w wysokości nie związanej z wynikami finansowymi obłożonych nim podmiotów. Stanowi to nieuprawnione odejście od zasady równego traktowania wszystkich sektorów przez system podatkowy.
Wprowadzana projektem najwyższa stawka podatku w wys. 1,9 proc. wpłynie na zmniejszenie opłacalności handlu w soboty, niedziele i dni wolne od pracy. Dyskryminuje to podmioty handlowe działające, zgodnie z obowiązującym prawem w te dni. Doprowadzi to do ograniczenia sprzedaży w dniach, w których obrót jest proporcjonalnie największy, oraz które, z punktu widzenia klientów, są najbardziej popularne i najwygodniejsze do robienia zakupów.