Z analizy Polish Wind Energy Consulting wynika, że województwa charakteryzujące się największą wietrznością (lubuskie, zachodniopomorskie, warmińsko-mazurskie, podlaskie oraz podkarpackie) cechują się również najwyższym odsetkiem obszarów Natura 2000.

Przykładowo w województwie podlaskim przeszło 50 proc. terenu jest objęte ochroną w sieci Natura 2000. Zdaniem ministra środowiska Marcina Korolca istnieje potrzeba dodatkowego uregulowania „rozprzestrzeniania się niektórych źródeł odnawialnych pod kątem ochrony krajobrazu".

Kontrowersje wzbudza również to, czy decyzja o tym, gdzie staną wiatraki, ma zapadać na poziomie gminy czy województwa. Inwestorzy borykają się z protestami mieszkańców w wielu miejscowościach. Wielu inwestorów przyjmuje, że turbiny mogą powstawać w odległości ok. 500 metrów od domów. Posłowie i niektórzy lokalni włodarze proponują wprowadzenie sztywnych odległości na poziomie 1000 lub 1500 metrów. Jednak przy każdej tego typu inwestycji należy przeprowadzić ocenę oddziaływania na środowisko. I, jak przekonuje prof. Kraszewski, te regulacje sprawdziły się, nie należy zatem wprowadzać tu zmian. Także tych dotyczących przeniesienia kompetencji w tym zakresie na inny szczebel administracyjny.

Polskie Stowarzyszenie Energetyki Wiatrowej, jak i wielu ekspertów, jest zdania, że wprowadzenie minimalnych odległości na poziomie 1500 metrów kompletnie zablokuje rozwój energetyki wiatrowej w Polsce, a ustalenie jej na poziomie 1000 metrów uniemożliwi osiągnięcie nawet minimalnych wytycznych związanych z rozwojem OZE.