Według informacji DGP, do połowy roku 2015 w wyniku sygnałów od pacjentów, którzy odkryli nieprawidłowości dzięki Zintegrowanemu Informatorowi Pacjenta, NFZ odzyskał około miliona złotych. Szpitale musza nie tylko zwracać przyznane im środki, lecz także płacić kary.
Najczęściej powodem sporu pomiędzy Funduszem a placówkami jest zasadność leczenia pacjenta w szpitalu zamiast w przychodni. Szpitale twierdzą, że Fundusz podważa decyzje lekarzy, pomimo że urzędnicy przeprowadzający kontrolę nie zawsze mają wykształcenie medyczne. Inne zarzuty to nieprawidłowa klasyfikacja hospitalizacji czy brak uzasadnienia do rozliczenia danej procedury.
Odwołanie od decyzji Funduszu jest możliwe do prezesa NFZ. Jednak najpierw szpital musi zapłacić zasądzoną karę. Pomimo trwających latami procesów z NFZ coraz więcej placówek się decyduje na taką drogę.