Korzyścią z posiadania systemu zarządzania jakością jest możliwość stałego uzupełniania lub dodawania nowych procedur w sytuacji, gdy jest to konieczne oraz minimalizacja ryzyka wystąpienia zdarzeń niepożądanych.
Szpital posiada certyfikat ISO 9001:2008 ale także ISO 14001: 2004 od 30 czerwca 2015 roku, przyznane do 29 czerwca 2018.
Przyjęty i wprowadzony przez szpital oraz zatwierdzony przez niezależną firmę audytorską System Zarządzania Jakością według normy ISO 9001:2009, to zapisanie i przestrzeganie określonych procedur w zakresie udzielanych świadczeń opieki zdrowotnej w zakresie opieki psychiatrycznej i leczenia uzależnień we wszystkich typach, jakie oferuje szpital. Jest to leczenie stacjonarne, czyli całodobowy pobyt pacjentów na oddziałach, leczenie w trybie dziennym (pacjent mieszka w domu i codziennie przyjeżdża do oddziału, gdzie przez kilka godzin uczestniczy w zajęciach terapeutycznych i rehabilitacyjnych oraz ma możliwość codziennej konsultacji lekarza psychiatry i psychologa), świadczenia ambulatoryjne prowadzone w poradniach zdrowia psychicznego i leczenia uzależnień (gdzie odbywają się także wizyty kontrolne) oraz preferowane obecnie na świecie leczenie środowiskowe, czyli wizyty lekarzy, terapeutów i pielęgniarek, które odbywają się u przybywających na stałe w domach pacjentów.
Zakres wprowadzonych procedur dotyczył nie tylko leczenia, ale także prowadzenia dokumentacji medycznej, zapewnienia prawidłowej gospodarki lekami i ich zabezpieczenia, a także nadzoru nad sprzętem medycznym.
Wdrożenie wiązało się ze zmianami zakresu obowiązków pracy części pracowników, jednak zasadniczo z opisaniem struktury szpitala, która już wcześniej uległa zmianie z uwagi na dużą restrukturyzację. ISO ułatwia nadzór nad tą restrukturyzacją, porządkując procesy i schemat organizacyjny. W Księdze Jakości Szpitala jest zamieszczony przejrzysty schemat organizacyjny dostępny dla każdego pracownika, ułatwiający między innymi na przykład poszukiwanie osób odpowiedzialnych za dany proces w organizacji, łatwiej jest też wyciągać wnioski dotyczące ewentualnych dalszych planowanych zmian.
Do zakresu obowiązków Pełnomocnika SZJ należy nadzorowanie całokształtu prac związanych z wdrożeniem SZJ, współpraca ze wszystkimi komórkami organizacyjnymi Szpitala Babińskiego, koordynowanie prac związanych z wdrożeniem SZJ, inicjowanie działań organizacyjnych związanych z wdrożeniem i aktualizacją SZJ, nadzór nad prowadzeniem i aktualizacją dokumentacji związanej z SZJ, współpraca z audytorami wewnętrznymi przy planowaniu i przeprowadzaniu audytów wewnętrznych oraz reprezentowanie Szpitala Babińskiego w sprawach dotyczących SZJ.