Stwierdzone nieprawidłowości dotyczyły między innymi wystawiania recept niezgodnie z przepisami. Recepty zawierały błędne dane pacjenta, oznaczenie poziomu odpłatności było niezgodnie z obowiązującymi przepisami, a ordynacja leków refundowanych niezgodna ze wskazaniami refundacyjnymi. Stwierdzono także wystawienie recept na leki refundowane w ilościach przekraczających dopuszczalny okres stosowania bądź w ilościach przekraczających zapotrzebowanie pacjenta, a także wystawianie przez lekarzy stomatologów recept na własny numer PESEL, na leki służące do zaopatrzenia gabinetu oraz wystawianie i realizację recept w trakcie hospitalizacji.
Błędy zawierała także dokumentacja medyczna, polegały one między innymi na braku wpisów dotyczących porady ambulatoryjnej, wywiadu lekarskiego, badania przedmiotowego, wyników badań diagnostycznych, zaordynowanych leków oraz wystawionych recept.
Stwierdzano także brak diagnozy, rozpoznania choroby, brak potwierdzenia zasadności ordynacji leków; brak adnotacji o ilości przepisanych leków, sposobie dawkowania, a także braki formalne w dokumentacji medycznej (na przykład brak numeracji stron oraz danych identyfikujących pacjenta, brak autoryzacji poprawek, brak oznaczenia podmiotu leczniczego, daty porady itp.).
Zdarzały się niezgodności danych na receptach z dokumentacją medyczną oraz z danymi sprawozdanymi przez apteki, brak było informacji w dokumentacji o szczególnych uprawnieniach pacjenta wraz z numerem dokumentu potwierdzającego ich przysługiwanie przy jednoczesnym wystawieniem recepty z odpowiednim kodem, brak w dokumentacji zaświadczeń od lekarzy specjalistów, kart leczenia szpitalnego.
Zdarzała się także nieczytelna dokumentacja medyczna, a także przekroczenie maksymalnej dawki dobowej leku, wystawienie recept po dacie zgonu pacjenta oraz brak zachowanego porządku chronologicznego przy dokonywaniu wpisów. Jedną ze stwierdzonych nieprawidłowości był także brak dokumentacji medycznej.