W wyniku przeprowadzonych kontroli stwierdzono nieprawidłowości w zakresie danych niezbędnych do wystawienia recepty na leki refundowane dotyczących pacjenta, osoby wystawiającej receptę oraz świadczeniodawcy. Były to brak lub niepełne dane pacjenta, brak lub niepełne dane dotyczące osoby uprawnionej do wystawiania recept lub brak podpisu czy też brak daty wystawienia recepty i brak identyfikatora płatnika.

Stwierdzono także niepełne dane dotyczące przepisanych leków - nieprawidłowe lub niepełne nazwy leków, postaci, dawki, wielkości opakowań i ilości leków oraz sposób dawkowania - niespełniające wymogów rozporządzenia w sprawie recept lekarskich.

NFZ stwierdził także przypadku braku potwierdzenia realizacji recepty, braku w aptece recepty, na podstawie której wydano lek, braku danych niezbędnych do wystawienia recepty lub recept, na których poprawiono lub dopisano dane bez autoryzacji osoby uprawnionej. Zdarzały się przypadku braku potwierdzenia realizacji recept, czyli imienia i nazwiska osoby wydającej lek w formie nadruku lub pieczęci lub brak podpisu osoby wydającej, a także przypadki realizacji recept po upływie terminu ich ważności, realizacji recept  niezgodnie z odpłatnością określoną na recepcie, wydawania leku w ilości większej niż na 3-miesięczne stosowanie, w ilości większej niż przepisana przez lekarza lub w ilości większej niż można wydać.

Do stwierdzonych  nieprawidłowości można też zaliczyć realizację recept na refundowane leki recepturowe zawierające w swoim składzie środek odurzający lub substancje psychotropowe, na których brak sposobu ich dawkowania, dzielenie opakowań leków refundowanych lub niepodzielenie leków przepisanych w postaci parenteralne, a także brak lub nieprawidłowe potwierdzenie uprawnień dodatkowych pacjenta i  brak kwalifikacji i uprawnień pracownika apteki do realizacji recepty (np. w przypadku wydawania leków psychotropowych).

Zdarzały się także przypadki realizacji recept na leki refundowane niedopuszczone do obrotu w punktach aptecznych, przypadki nieprawidłowej wyceny leku recepturowego, realizacji recept na leki recepturowe, w których skład wchodziły substancje nie będące surowcem farmaceutycznym, wydania leków nie przepisanych na recepcie, wydania leku przed wskazaną na recepcie datą realizacji "od dnia", brak adnotacji pro familiae, pro auctore czy realizacji recepty na leki z grupy I-N, na które wydano więcej leku refundowanego jak na miesięczną kurację.

W zakresie prawidłowego otaksowania recepty i zgodności z danymi przekazywanymi w raportach statystycznych do NFZ stwierdzono niepełne lub nieprawidłowe otaksowanie recept (niepełne lub nieprawidłowe dane apteki, niepełne określenie produktów leczniczych, dawek, wielkości opakowania itp.), nieprawidłowe przekazywanie danych z recept w raportach statystycznych (nazwy produktów leczniczych, numer recepty, numer prawa wykonywania zawodu lekarza, data wystawienia recepty, numer PESEL itp.) oraz nieterminowe przekazywanie zestawień refundacyjnych.

Były także niezgodności między sprzedażą a zakupem produktów leczniczych (brak faktur potwierdzających zakup leków lub niezgodne faktury z naliczonym kosztem leku recepturowego).