Poza tym kontrolę przeprowadziły: Ministerstwo Zdrowia (12), Archiwum Państwowe (5), Państwowa Inspekcja Pracy (4), Wojewoda (4), Zakład Ubezpieczeń Społecznych (4) oraz Generalny Inspektor Ochrony Danych Osobowych (2).

Do końca lutego 2014 zakończono 60 kontroli, w wyniku których w 19 przypadkach nie sformułowano ocen ogólnych. 24 kontrole oceniono pozytywnie, 14 ocen był pozytywnych mimo stwierdzonych uchybień lub nieprawidłowości oraz 3 oceny były negatywne.

Najwięcej kontroli przeprowadzono w Centrali Funduszu (9) oraz w mazowieckim oddziale wojewódzkim (7). W oddziałach małopolskim i podkarpackim natomiast przeprowadzono po 1 kontroli.
Nieprawidłowości stwierdzono w zakresie działalności śląskiego oddziału NFZ. Dotyczyły one między innymi nierównego traktowania oferentów w trakcie postępowań konkursowych, nierozpatrzenia wniesionego protestu czy nieprzeprowadzenie negocjacji ze wszystkimi oferentami spełniającymi wymagane