W przypadku szczepień ochronnych w ramach Narodowego Programu Szczepień Ochronnych, szczepień akcyjnych oraz szczepień w związku z wprowadzeniem stanu zagrożenia epidemiologicznego lub stanem epidemii, badanie kwalifikacyjne do szczepienia oraz konsultacje specjalistyczne przeprowadzone przez świadczeniodawców, z którymi NFZ ma umowy na udzielanie świadczeń, są bezpłatne dla osób korzystających z tych świadczeń bez względu na ich uprawnienia z tytułu ubezpieczenia.
Z kolei w przypadku, gdy osoba szczepiona miałaby być szczepiona inną szczepionką niż otrzymaną przez świadczeniodawcę od sanepidu lub gdy szczepienie odbywa się u świadczeniodawcy nieposiadającego umowy z NFZ, koszt zakupu szczepionki lub koszt przeprowadzenia szczepienia i poprzedzającego je badania kwalifikacyjnego, ponosi osoba szczepiona (lub jej opiekunowie).
Szczepienia zalecane finansowane w ramach NFZ mogą być realizowane tylko u świadczeniodawcy, który posiada umowę z NFZ.