To największy pod względem budżetu program, który będzie wspierał zrównoważony rozwój kraju. Na strukturę Programu składają się cztery główne cele tematyczne, tworzące podstawowe obszary wsparcia: gospodarka niskoemisyjna, adaptacja do zmian klimatu, ochrona środowiska i efektywne wykorzystanie zasobów, transport zrównoważony oraz bezpieczeństwo energetyczne, a także - w ograniczonym zakresie - działania, dotyczące dziedzictwa kulturowego oraz kluczowych elementów infrastruktury ochrony zdrowia.

Celem głównym Programu jest wsparcie gospodarki efektywnie korzystającej z zasobów i przyjaznej środowisku oraz sprzyjającej spójności terytorialnej i społecznej. Wynika on z jednego z trzech priorytetów Strategii Europa 2020, jakim jest wzrost zrównoważony rozumiany jako wspieranie gospodarki efektywniej korzystającej z zasobów, bardziej przyjaznej środowisku i bardziej konkurencyjnej, w której cele środowiskowe są dopełnione działaniami na rzecz spójności gospodarczej, społecznej i terytorialnej.

Konstrukcja programu operacyjnego odchodzi od sektorowości, na rzecz podejścia zintegrowanego, zakładającego prymat celów tematycznych i dobieranie do nich adekwatnych instrumentów wsparcia. Zgodnie z nowym podejściem, realizowane będą przedsięwzięcia przekrojowe w różnych obszarach. Związane jest to z koniecznością znaczącego wzmocnienia efektywności inwestycji poprzez szersze niż do tej pory wykorzystanie zasady komplementarności interwencji finansowanych operacji.

Program stanowi kontynuację działań prowadzonych w ramach obecnie wdrażanego Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007-2013, niemniej mocniej niż dotychczas akcentuje wymiar terytorialny (uwzględnia potrzeby i potencjały poszczególnych terytoriów, w tym obszary strategicznej interwencji państwa).