Zrealizowane dotychczas w ramach „Programu dla Odry 2006” zadania mogły jedynie miejscowo przyczynić się do ograniczenia strat wyrządzanych przez powodzie. Nie wpłynęły jednak na ogólną sytuację i nie zwiększyły bezpieczeństwa mieszkańców, w szczególności w dużych miastach oraz na terenach, gdzie powodzie są częste i gwałtowne. Od ostatniej kontroli Programu, dotyczącej lat 2001-2006, nie nastąpił wyraźny postęp w jego realizacji.
Koniec Programu zaplanowany jest na rok 2016. Tymczasem do końca 2010 r. zostało zakończonych sześć spośród 13 planowanych zadań. Natomiast z 17 zadań, które powinny być do końca 2010 r. przynajmniej rozpoczęte, żadne nie było realizowane planowo. Na koniec 2011 roku sytuacja nie uległa poprawie. Nadal nie zostały rozpoczęte kluczowe dla Programu i poprawy systemu bezpieczeństwa powodziowego dorzecza Odry inwestycje, takie jak: budowa zbiorników Racibórz, Wielowieś Klasztorna, Kamieniec Ząbkowicki oraz modernizacja Wrocławskiego Węzła Wodnego. Z opóźnieniami, nawet kilkuletnimi w stosunku do wstępnych założeń, rozpoczęto lub realizowano m.in. modernizację systemu suchych zbiorników przeciwpowodziowych w dorzeczu Nysy Kłodzkiej, Kaczawy i Bobru, modernizację wałów w dorzeczu Odry wraz z Wartą, ochronę bezpośrednią od powodzi Kłodzka i Słubic. Opóźnienia w realizacji Programu wynikają m.in. z faktu, że ze środków zaplanowanych na jego realizację finansowano inne prace (np. remontowe i konserwacyjne). NIK zwraca jednak uwagę, że ze środków Programu powinny być finansowane jedynie zadania inwestycyjne.
Stan wałów przeciwpowodziowych jest wciąż zły. Podczas sprawdzania odpowiedzialnych za stan wałów regionalnych zarządów gospodarki wodnej i odpowiednich struktur w ramach samorządów województw, kontrolerzy stwierdzili, że administrowane przez nie umocnienia mogą zagrażać bezpieczeństwu. Po analizie dokumentów dotyczących ponad 3,5 tys. km wałów okazało się, że 1,6 tys. km znajduje się w złym lub fatalnym stanie. W dodatku cztery spośród dziesięciu administrujących wałami zarządów nie miało pełnych informacji na ten temat, bo nie przeprowadzało wymaganych prawem okresowych kontroli. Jedną z przyczyn złego stanu tych obiektów były ograniczone środki, jakie zarządcy otrzymywali na działalność statutową, czyli m.in. na bieżące utrzymywanie obwałowań. Posiłkowali się więc pieniędzmi przeznaczonymi na realizację Programu, przyczyniając się do pogłębienia istniejących opóźnień.
Kontrolerzy NIK znaleźli także przypadki, gdy już zrealizowane inwestycje nie przyniosły zamierzonych efektów i nie chronią mieszkańców przez powodzią. Dotyczy to m.in. dwóch zbiorników wodnych, które nie są eksploatowane z powodu przeciekania (zbiornik Krynka i Włodzienin). Koszt budowy tych obiektów to łącznie ponad 36 mln zł. Na realizację Programu Polska dostała pożyczki m.in. z Banku Światowego i Banku Rozwoju Rady Europy. Niezrealizowanie jego kluczowych zadań nie zwalnia jednak naszego kraju z ponoszenia kosztów obsługi tych pożyczek. Łącznie w latach objętych kontrolą NIK, czyli 2007 -2010, państwo musiało wydać na ten cel prawie 9 mln zł.