W trakcie przeprowadzonej kontroli NIK ustaliła, iż pracownicy na stanowiskach do spraw wspomagania audytu wewnętrznego i kontroli realizowali zarówno czynności kontrolne, jak również uczestniczyli w prowadzeniu zadań audytowych. NIK stwierdziła również brak zastosowania standardu kontroli zarządczej w postaci delegowania uprawnień, co doprowadziło do przypisania tożsamego zakresu zadań w obszarze realizacji zadań audytorom wewnętrznym oraz osobom wspomagającym realizację audytu wewnętrznego.
W trakcie kontroli NIK wykryła brak dokumentacji potwierdzającej uwzględnienie przy przygotowywaniu planu audytu na 2010 r. danych w zakresie czasu przeznaczonego na szkolenie, dostępnych zasobów ludzkich oraz rezerwy czasowej na nieprzewidziane działania. Przy sporządzaniu planów audytu na 2010 r. i 2011 r. nie uwzględniono również zadań, których realizacja była kontynuowana z lat poprzednich, a która w 2010 r. faktycznie zajęła 45 %, a w pierwszej połowie 2011 r. aż - 88 %, czasu wykorzystanego na realizację zadań. Plan audytu wewnętrznego na 2011 r., w ocenie NIK, został sporządzony niezgodnie z obowiązującymi w tym zakresie regulacjami, wskazującymi na konieczność powiązania planowanych zadań z wynikami analizy ryzyka. W ocenie NIK brak jest podstaw do niewykazywania w planach audytu wewnętrznego zadań, których realizacja nie została zakończona w roku poprzednim. W ocenie NIK, prowadzony audyt wewnętrzny w 2010 r. charakteryzował się niewielką realizacją planu audytu. Świadczy o tym fakt, że w 2010 r., spośród 18 zaplanowanych zadań zapewniających zostały zrealizowane trzy, a realizacja 11 zadań była w toku. W pierwszej połowie 2011 r. zrealizowano pięć spośród 18 zadań zapewniających ujętych w planie na rok bieżący. Zdaniem NIK, przyjęty sposób konstruowania planów audytu wewnętrznego (na 2010 r. i 2011 r.), nieuwzględniający zadań kontynuowanych z lat poprzednich, prowadził do ujmowania w ww. planach liczby zadań niewspółmiernej do posiadanych zasobów osobowych. W wyniku takiego działania, znaczna ilość czasu pracy zaplanowanego na realizację zadań audytowych była wykorzystywana na prowadzenie zadań rozpoczętych w latach wcześniejszych, kosztem zadań planowanych do wykonania w roku objętym planem audytu wewnętrznego. W ocenie NIK nie był również realizowany w sposób zgodny z obowiązującymi przepisami obowiązek sprawozdawczy w zakresie prezentacji danych o realizacji planów audytu wewnętrznego.
W ramach wniosków pokontrolnych NIK wniosła o planowanie zadań audytowych na podstawie rzetelnie sporządzonej analizy zasobów osobowych i uwzględnianie w rocznych planach audytu wewnętrznego wszystkich elementów wymaganych przepisami prawa. Izba zwróciła się także o doprowadzenie do urealnienia planowania zadań audytowych oraz ujmowanie w sprawozdaniach z wykonania planów audytu danych zgodnych z dokumentacją i w sposób zgodny z obowiązującymi przepisami.