Trybunał uznał natomiast, że konstytucję naruszyły trzy przepisy tej nowelizacji odnoszące się m.in. do relacji między ministrem sprawiedliwości a prezesami i dyrektorami sądów. Zdanie odrębne do wyroku zgłosiło ośmiu sędziów Trybunału.

Trybunał odroczył obowiązywanie niekonstytucyjnych przepisów na 18 miesiecy, do czasu uchwalenia poprawek przez Sejm.

Naruszenie regulaminu, ale nie konstytucji

Według Krajowej Rady Sądownictwa, która zaskarżyła nowelizację do TK, zmiany przyjęto z naruszeniem procedury legislacyjnej, gdyż rozpatrywano je w pierwszym czytaniu w Sejmie na posiedzeniu komisji. Tymczasem - jak dodawała KRS - w odniesieniu m.in. do projektów ustaw regulujących ustrój i właściwość władz publicznych pierwsze czytanie powinno zostać przeprowadzone na plenarnym posiedzeniu Sejmu.

Uzasadniając orzeczenie, sędzia TK Stanisław Biernat wskazał, że Trybunał podzielił pogląd, iż doszło do naruszenia regulaminu Sejmu. "Naruszenie to należy ocenić krytycznie, ale nie ma podstaw do przyjęcia, że wpłynęło to negatywnie na dalsze prace nad projektem, a pierwszego czytania w ogóle nie było" - zaznaczył.

Odwołanie dyrektora sądu

Trybunał wskazał, że skoro działalność administracyjna sądu jest działalnością pomocniczą i usługową wobec głównej funkcji sądu, to organy władzy sądowniczej, składające się z sędziów, jakimi są zgromadzenie ogólne sędziów apelacji i prezes sądu, powinny mieć wpływ na odwołanie dyrektora sądu. W ocenie Trybunału rozwiązania przewidziane w kwestionowanych przepisach powodują, że kontrola samorządu sędziowskiego i prezesa sądu nad należytym wykonywaniem przez dyrektora sądu powierzonych mu zadań nie jest wystarczająca, wobec pełnej swobody decyzyjnej ministra sprawiedliwości. W konsekwencji wskazane przepisy naruszają zasadę podziału władzy oraz niezależności i odrębności władzy sądowniczej - podkreślił sedzia Stanisław Biernat.
Wynagrodzenia i sprawy kadrowe

Trybunał wskazał, że kompetencje ministra do ustalania wynagrodzenia dyrektora sądu są zobiektywizowane na podstawie rozporządzenia, wydanego po zasięgnięciu opinii KRS. W konsekwencji nie można uznać, że kwestionowane przepisy naruszają zasadę podziału władzy. Z kolei ustalanie wynagrodzeń dyrektorów sądów, nad którymi nadzór sprawuje minister sprawiedliwości, nie ma wpływu na zasadę odrębności i niezależności sądów proklamowaną w art. 173 Konstytucji, ponieważ kompetencje ministra dotyczą dziedziny, na którą nie rozciąga się owa odrębność i niezależność.

Trybunał stwierdził, że rozwiązania dotyczące nadzoru ministra nad prezesem sądu ( brak mozliwości wnisienia zastrzeżeń przez prezesa sądu do uwag ministra) nie gwarantują władzy sądowniczej, możliwości ochrony jej pozycji oraz nie zapewniają instrumentów zapewniających równowagę wobec wpływu władzy wykonawczej. Omawiane gwarancje proceduralne są istotne ze względu na pozycję i autorytet urzędu prezesa sądu, dla których środki nadzorcze podejmowane przez Ministra Sprawiedliwości nie są obojętne.  Tego rodzaju środki mają również znaczenie w związku z kompetencjami ministra sprawiedliwości do odwołania prezesa lub wiceprezesa sądu w toku kadencji ze względu na rażące niewywiązywanie się z obowiązków służbowych.

Rozwój zawodowy
Trybunał wskazał, że plany rozwoju zawodowego sędziego, nie mogą dotyczyć oceny treści rozstrzygnięć dokonywanych przez sędziego w ramach wykonywania zadań jurysdykcyjnych, czy czynności podejmowanych w toku rozpoznawania sprawy. Ponadto ocena pracy sędziego, jak i sporządzenie indywidualnego planu rozwoju zawodowego sędziego zostało powierzone osobom będącym sędziami.

Tezy skargi KRS

W nowelizacji z 2011 r. przewidziano m.in. wprowadzenie menedżerskiego podejścia do zarządzania sądami i wzmocnienie pozycji dyrektorów sądów. Wprowadzono także zasady systemu oceniania pracy sędziów. KRS zakwestionowała też niektóre z tych przepisów - w szczególności odnoszące się do nadzoru administracyjnego ministra sprawiedliwości nad sądownictwem oraz podziału kompetencji pomiędzy prezesami a dyrektorami sądów.