Rada Legislacyjna przy premierze przedstawiła swoją opinię do zmodyfikowanego projektu ustawy o Prokuraturze. Jej autorem jest dr hab. Maria Rogacka-Rzewnicka. Według Radz wzrost wewnętrznej pozycji Prokuratora Generalnego w rozwiązaniach projektu wyraża się m.in. wzmocnieniem jego uprawnień w procedurze wyboru prokuratorów. Obecny tryb wniosków kierowanych przez Krajową Radę Prokuratury ma zastąpić opinia Zgromadzenia Ogólnego lub właściwego zgromadzenia prokuratorów prokuratury apelacyjnej. Niewiążący charakter opinii, a nawet przewidziana możliwość jej pominięcia, dają Prokuratorowi Generalnemu szerokie kompetencje decyzyjne w zakresie powoływania prokuratorów wszystkich szczebli. Można mieć wątpliwość, czy zasada odpowiedzialności Prokuratora Generalnego za działalność podległych mu prokuratorów w zupełności usprawiedliwia projektowane rozwiązanie. Innym podobnym przykładem jest regulacja art. 85 § 2 projektu. W miejsce obecnego uprawnienia prokuratora apelacyjnego i prokuratora okręgowego do przekazywania spraw na obszarze ich okręgów do innej miejscowo jednostki organizacyjnej prokuratury ze względu na dobro wymiaru sprawiedliwości przewiduje się wyłączną w tym zakresie kompetencję Prokuratora Generalnego. To rozwiązanie może okazać się w praktyce niefunkcjonalne. Jeśli zaś jego prototypem była podobna kompetencja Sądu Najwyższego w odniesieniu do sądów powszechnych (art. 37 k.p.k.), to zastosowana analogia nie jest adekwatna, gdyż za regulacją właściwości miejscowej jednostek prokuratury nie stoi mająca zastosowanie do sądów konstytucyjna zasada prawa do sądu, oznaczająca także prawo do właściwego sądu, ze względu na przyjęte w ustawie kryteria właściwości.
Głównym dążeniem na gruncie wewnętrznych relacji w prokuraturze powinno być z jednej strony zapewnienie eksponowanej pozycji Prokuratora Generalnego, ale z drugiej należnego znaczenia organowi realizującemu funkcje kontrolne wobec Prokuratora Generalnego. Tej roli, w świetle zaproponowanych rozwiązań, raczej nie spełni Zgromadzenie Ogólne w Prokuraturze Generalnej. Dlatego pozostaje na nowo rozważyć relacje między Prokuraturą Generalną a Krajową Radą Prokuratury.
Ponadto w ocenie Rady głównym argumentem przeciwko przyznaniu Ministrowi Sprawiedliwości prawa do wnoszenia kasacji w sprawach karnych jest jego obecnie niepodzielna przynależność do władzy wykonawczej, którą w poprzednim stanie prawnym modyfikowała tożsamość z funkcją Prokuratora Generalnego, będącego organem wkomponowanym w proces karny.