W wystąpieniu do ministra sprawiedliwości dr Adam Bodnar pisze, że do jego biura wpływają wnioski obywateli wskazujące na problematyczne aspekty funkcjonowania Krajowego Rejestru Karnego. Jedną z najbardziej kontrowersyjnych kwestii związanych z jego działalnością jest konieczność uiszczania przez zainteresowanych określonej opłaty w celu otrzymania zaświadczenia o niekaralności.

RPO przypomina, że już we wcześniejszych wystąpieniach zwracał się o dane dotyczące kosztów prowadzenia rejestru w latach 2006-2008. Okazało się, że we wspomnianym okresie wpływy do KRK trzykrotnie przewyższały koszty prowadzenia tej instytucji. Zapytania odpłatne stanowiły jedną czwartą wszystkich złożonych wniosków, pozostałe  zaś pochodziły od organów administracji publicznej m.in. prokuratury, policji czy sądów, które ustawowo są zwolnione z opłat.
Wysokość należności za usługę Biuro KRK tłumaczyło rozporządzeniami Ministra Sprawiedliwości z 2 grudnia 1996 r. i 14 sierpnia 2003 r., które określały stawkę na tym samym poziomie.

W związku z tymi spostrzeżeniami Rzecznik zwrócił się do ówczesnego ministra sprawiedliwości z apelem o umocowanie wysokości opłat proporcjonalnie do rzeczywistych nakładów przeznaczanych na funkcjonowanie rejestru, gdyż znacznie przewyższą one faktyczny koszt wydania zaświadczenia. Ponadto organy publiczne, jako główni użytkownicy KRK, również powinny współfinansować rejestr.
W odpowiedzi z 4 stycznia 2010 r. resort sprawiedliwości tłumaczył, że istnienie dużej nadwyżki w stosunku do wydatków rocznych KRK jest podyktowane troską o zabezpieczanie finansów tej instytucji i zapewnieniem jej stabilności. Mimo że w poszczególnych latach wydatki Rejestru kształtowały się na różnym poziomie, to, jak zauważa Rzecznik, opłata pozostała niezmienna i wynosiła wówczas 50 zł.

Zdaniem RPO odpowiedź z Ministerstwa Sprawiedliwości nasuwa wnioski, że zmienne wydatki powinny wymuszać istnienie różnej wysokości opłat, ponadto ciężar finansowania KRK, działającego w przeważającej mierze na rzecz podmiotów publicznych, spoczywa głównie na osobach prywatnych, które w dodatku często są w trudnej sytuacji materialnej i szukają pracy, co zdaniem Rzecznika godzi w podstawowe założenia demokratycznego państwa.
Jak zauważa Rzecznik, nie zmieniły tego częściowe obniżki opłat za zaświadczenia o niekaralności wprowadzane przez kolejnych ministrów sprawiedliwości. Rzecznik zwraca też uwagę, że w przypadku informacji publicznej opłata stanowi wyjątek, a przy KRK jest regułą, co sprawia, że obywatel ma większą swobodę w zasięganiu informacji o działaniu państwa i organów publicznych, niż o sobie samym. Ponadto opłata należy się za dokument poświadczający, że respektuje normy prawa i korzysta z pełni praw publicznych.

Rzecznik zauważa, że przy okazji zaświadczeń o niekaralności pojawia się też jeszcze jeden problem dotyczący praktycznego funkcjonowania Krajowego Rejestru Karnego. Chodzi o rozpowszechnioną praktykę wprowadzania przez pracodawców wymogu przedstawiania dokumentu z KRK przez pracowników lub kandydatów do pracy. Tymczasem takie zaświadczenie jest, zgodnie z Kodeksem pracy, potrzebne tylko przy niektórych zawodach, stanowiskach lub działalnościach, i w tych nielicznych przypadkach to pracodawca powinien wystąpić do KRK o udostępnienie informacji z rejestru. - W większości jednak mamy do czynienia z niezgodną z prawem praktyką pracodawców, którzy nie są uprawnieni do przetwarzania informacji z Rejestru i bezpodstawnie domagają się zaświadczenia o niekaralności. Co więcej, przerzucają obowiązek uzyskania stosownego dokumentu na pracownika. Powyższe działania mogą prowadzić do naruszenia sfery prywatności osoby zatrudnionej lub ubiegającej się o pracę, ograniczają też jej prawa i wolności.

W związku z tym Rzecznik zwrócił się do ministra sprawiedliwości z prośbą o podjęcie kroków legislacyjnych zmierzających do rozwiązania przedstawionych problemów – zarówno w zakresie odpłatności tzw. zaświadczeń o niekaralności, jak i w zakresie wyeliminowania obecnych na rynku pracy praktyk godzących w prawo do prywatności jednostki.