W projekcie nowelizacji ustawy uwzględniono przepisy „Wspólnotowych wytycznych dotyczących pomocy państwa na rzecz przedsiębiorstw kolejowych” z 22 lipca 2008 r., w których przewidziano zniesienie nieograniczonych gwarancji państwowych przyznanych przedsiębiorstwom kolejowym.  Zgodnie z tymi wytycznymi, takie gwarancje są niezgodne z Traktatem WE. Ponadto, w sytuacji gdy gwarancjami państwa objęte są przedsiębiorstwa działające zarówno na rynkach konkurencyjnych, jak i na tych, na których konkurencji nie ma, powinno dojść do całkowitego zniesienia gwarancji przyznanej danemu przedsiębiorstwu jako całości.
Przepisy „Wspólnotowych wytycznych” odnoszą się do przedsiębiorstw kolejowych, czyli koncesjonowanych przedsiębiorstw publicznych lub prywatnych, które świadczą usługi transportu osób lub rzeczy oraz dostarczają trakcję. Z tego względu przedsiębiorstwami kolejowymi są spółki przewozowe utworzone przez PKP SA na podstawie ustawy, czyli: PKP Intercity SA, Przewozy Regionalne sp. z o.o. i PKP Cargo SA.
W projekcie nowelizacji ustawy wprowadzono przepisy dotyczące możliwości ogłoszenia upadłości spółek wykonujących kolejowe przewozy ludzi i rzeczy. Zgodnie z projektem, w przypadku ogłoszenia upadłości przewoźnika kolejowego, w celu zachowania ciągłości świadczenia usług publicznych, zarządca lub syndyk może prowadzić działalność polegającą na wykonywaniu przewozów nie dłużej niż przez 6 miesięcy od dnia ogłoszenia upadłości, pod warunkiem spełnienia warunków będących podstawą wydania świadectwa bezpieczeństwa czy certyfikatu bezpieczeństwa.
Ponadto, przewoźnik został zobowiązany do niezwłocznego powiadomienia prezesa Urzędu Transportu Kolejowego oraz organu, z którym zawarł umowę na świadczenie usług publicznych, o złożeniu wniosku o ogłoszenie upadłości.
Proponuje się, aby przepisy znowelizowanej ustawy w stosunku do spółek wykonujących przewozy, weszły w życie z zachowaniem 12 miesięcznego vacatio legis.