Fundacja przygotowała opinię do opracowanego w Ministerstwie Sprawiedliwości projektu ustawy o zmianie ustawy – Prawo o ustroju sądów powszechnych oraz niektórych innych ustaw (projekt z 17 stycznia 2014 r.).
W ocenie Fundacji niektóre propozycje zawarte w projekcie w istotny sposób wykraczają poza dopuszczalne formy nadzoru administracyjnego ministra sprawiedliwości nad działalnością administracyjną sądów powszechnych i przez to godzą w zasadę podziału władzy oraz niezależność i odrębność władzy sądowniczej.
Jak zauważają autorzy opinii,  w projekcie zaproponowano, aby prezes sądu apelacyjnego na żądanie ministra sprawiedliwości, był zobowiązany przedstawić mu niezwłocznie informacje o toku postępowania w sprawach. Ponadto proponuje się, aby minister sprawiedliwości mógł żądać od prezesa sądu apelacyjnego przedstawienia, w zakreślonym terminie, informacji lub dokumentów dotyczących wykonywania obowiązków nadzorczych, a w uzasadnionych przypadkach – także akt spraw sądowych. W ocenie Fundacji kompetencje te nie mieszczą się w formule nadzoru administracyjnego nad działalnością administracyjną sądów i wkraczają w sferę związaną z czynnościami orzeczniczymi sądów, do której kontrolowania – wobec zasad podziału władzy i niezależności sądownictwa – organ władzy wykonawczej nie jest uprawniony. -  Są także przykładem nieuzasadnionej ingerencji władzy wykonawczej w niezawisłość sędziowską, jako że stanowią narzędzie do wywierania nacisku na sędziego w konkretnej sprawie – czytamy w opinii.
Jej autorzy zauważają również, że zgodnie z projektem, minister sprawiedliwości ma uzyskać kompetencję do przetwarzania danych stron, pełnomocników i innych uczestników postępowań sądowych, zawartych w centralnych systemach teleinformatycznych obsługujących postępowanie sądowe lub sądy. Projekt proponuje ponadto przyznanie ministrowi sprawiedliwości kompetencji do wykonywania transkrypcji tzw. e-protokołu. W ocenie Fundacji zmiany te budzą wątpliwości zarówno z punktu widzenia ingerencji w prawo do prywatności uczestników postępowań sądowych, jak i mogą naruszać niezależność i odrębność władzy sądowniczej.
Fundacja krytycznie oceniła ponadto proponowane przez projekt przyznanie kompetencji ministrowi sprawiedliwości do wnioskowania do Sądu Najwyższego o rozstrzygnięcie rozbieżności w wykładni prawa ujawniających się w orzecznictwie sądów powszechnych, sądów wojskowych lub Sądu Najwyższego. - Przyznanie Ministrowi Sprawiedliwości takiej kompetencji nie jest uzasadnione, biorąc pod uwagę ustrojową rolę i funkcje Ministra Sprawiedliwości. W przeciwieństwie do Prokuratora Generalnego i Rzecznika Praw Obywatelskich, nie stoi on na straży praworządności ani ochrony wolności i praw człowieka. Jest organem władzy wykonawczej pochodzącym z politycznego wyboru, nie będącym organem władzy sądowniczej, ani organem ochrony prawa. Dlatego nie powinien wywierać żadnego wpływu na orzecznictwo sądów – napisano w opinii.