Wśród objętych analizą podatków samorządowych najwięcej preferencji występuje w podatku od nieruchomości. W oparciu o dostępne dane ustalono wartość dla 352 preferencji podatkowych (74 % wszystkich zidentyfikowanych). Ich wartość w 2009 r. wyniosła 65,9 mld zł, co stanowiło 4,9% PKB. Wartość preferencji podatkowych w VAT (w znakomitej większości obniżonych stawek) oszacowano łącznie na 34,2 mld zł. Wartość oszacowanych preferencji w PIT oscyluje wokół 16 mld zł, w CIT wynosi 7,6 mld zł, a w akcyzie 1,7 mld zł. Łączna oszacowana wartość preferencji w podatkach samorządowych wyniosła 6,3 mld zł.

Preferencjami o najwyższej ustalonej wartości są obniżona stawka VAT (7%) na roboty budowlano montażowe dotyczące budownictwa mieszkaniowego, ulga na dzieci i łączne opodatkowanie dochodów małżonków w PIT. Najsilniej wspieranymi obszarami (spośród 9 wyodrębnionych) jest rodzina, gospodarka oraz rolnictwo, na które przeznacza się odpowiednio 29,1 mld zł, 8,8 mld zł i 7,2 mld zł.  Przeprowadzone analizy wskazują w niektórych przypadkach na obniżoną efektywność ulg. Wynika to bądź z faktu, że z preferencji korzystają – pośrednio lub bezpośrednio – inne grupy podatników, niż założył ustawodawca, bądź też wielkość wsparcia jest znacznie zróżnicowana w zależności od dochodu. Niektóre preferencje, wprowadzone kilka lat temu, utraciły swoją siłę oddziaływania na zachowania podatników i obecnie skutkują głównie obniżonymi wpływami do budżetu.

W przypadku ulgi na dzieci (5,6 mld zł) istnieją wątpliwości, czy spełnia ona stawiany zwykle przed tego typu preferencjami cel. Stanowi ona jednak wsparcie dla rodzin wychowujących dzieci. Z ulgi tej w pełnej wysokości mogą korzystać podatnicy o wysokich dochodach, dla których podatkowy bodziec ma zapewne mniejsze znaczenie dla podjęcia decyzji o posiadaniu dzieci. W odniesieniu do podatników o niskich dochodach, często nie wykorzystujących pełnej kwoty odliczenia, walor stymulacyjny ulgi jest ograniczony. W efekcie ulga prowadzi do zmniejszenia progresywności podatku dochodowego. Ulga na Internet (0,4 mld zł) jest przykładem ulgi, która pierwotnie spełniała stawiany przed nią cel tj. zniwelowanie podwyżki ceny usługi, jaki wiązał się ze zniesieniem obniżonej stawki VAT dla usług dostępu do Internetu. W kolejnych latach średnie ceny usług internetowych spadły i poprawiła się ich jakość. Obecnie trudno uznać, że ulga ta nadal stanowi dla podatników zachętę do zakupu tego typu usług. Dane GUS sugerują, że na decyzję o „podłączeniu” Internetu wpływ mają czynniki pozapodatkowe.

Łączne opodatkowanie dochodów małżonków (2,7 mld zł) – najstarsza z analizowanych preferencji – cieszy się niezmiennie dużym zainteresowaniem. Wpływa ono istotnie na zmniejszenie obciążeń fiskalnych rodziny i w tym sensie stanowi element polityki prorodzinnej Państwa. Preferencja ta nie jest jednak ukierunkowana na realizację precyzyjnie określonego celu. W tym względzie zmierzenie jej efektywności wydaje się być utrudnione. Kredyt podatkowy – jako preferencja, która w zamierzeniu miała poprawiać płynność finansową przedsiębiorców – nie cieszy się zainteresowaniem podatników (jej wartość jest bliska zeru). Jako taka nie realizuje danego jej celu.

Przyczyny braku zainteresowania należy upatrywać w konstrukcji tego rozwiązania, tj. zbyt wielu warunków uprawniających do zastosowania tej preferencji. Obniżona stawka na usługi hotelowe (0,7 mld zł) skutkująca niższymi cenami usług hotelowych, jak się wydaje może zwiększać atrakcyjność turystyczną Polski i przyczyniać się do rozwoju rynku hotelarskiego. Biorąc jednak pod uwagę fakt, że nabywcami usług hotelarskich jest z reguły bogatsza część społeczeństwa, ulga ta nie poprawia progresywności systemu podatkowego. Zakładając przy tym, że znaczną część klientów hoteli stanowią klienci biznesowi i goście zagraniczni (których obecność w Polsce rzadko podyktowana jest wyłącznie konkurencyjną ceną usług hotelowych), należy ostrożnie oceniać efektywność tej preferencji.

Ulgi w akcyzie dla biopaliw (1,2 mld zł) nie wspierają natomiast krajowej produkcji biokomponentów na oczekiwanym wcześniej poziomie. Znaczna część wykorzystywanych w produkcji paliw biokomponentów nie została wytworzona w Polsce. Osiągnięcie celu środowiskowego, jakim jest upowszechnianie biopaliw, wydaje się przy tym możliwe bez stosowania ulgi, a w oparciu wyłącznie o zobowiązanie producentów paliw do ich zakupu.