Złożenie w formie tradycyjnej (papierowej) deklaracji, która zawiera błędy formalne, np. pisarskie, oznacza skuteczne wypełnienie obowiązku podatkowego i podatnikowi nie grożą sankcje za niewypełnienie obowiązku złożenia deklaracji. W przypadku deklaracji elektronicznej ta zasada jednak nie obowiązuje. Problem z deklaracjami w formie elektronicznej powstaje dlatego, że system e-Deklaracje wprowadza wymogi, których brak w przypadku deklaracji papierowych. Każdy korzystający z komputera wie, jak łatwo jest dodać niepotrzebną spację lub wpisać datę w niewłaściwym formacie. Można nawet stwierdzić, że zdarzają się one nagminnie.

Paradoksalnie system elektroniczny przyjmuje formularz z błędami rachunkowymi, ponieważ podatnik sam oblicza i wpisuje kwoty do formularza. Jeśli jednak podatnik wstawi spację tam, gdzie nie powinien, to system uzna, że deklaracja została złożona nieprawidłowo. W konsekwencji podatnik nie wypełnił skutecznie obowiązku złożenia deklaracji. Drobne błędy w elektronicznej deklaracji narażają zatem podatnika na poważne konsekwencje. To jednak nie koniec problemów. Przesłanie przez system elektroniczny deklaracji podatkowej zawierającej pomyłki lub wypełnionej niezgodnie z ustalonymi wymaganiami nie daje podatnikowi dowodu przesłania w postaci tzw. urzędowego potwierdzenia odbioru. Podatnik, który wysłał w ten sposób deklarację, musi czekać na potwierdzenie nadania nawet do 24 godzin. W przypadku osób fizycznych czas oczekiwania może nie być aż tak bardzo uciążliwy, jednak dla przedsiębiorcy, a zwłaszcza doradcy podatkowego, czy biura księgowego, które drogą elektroniczną wysyła np. kilkaset deklaracji, oczekiwanie przez dobę w niepewności jest sporym problemem. A jednym z warunków uznania, że dokument elektroniczny został doręczony do właściwego organu, jest wytworzenie i odesłanie nadawcy wspomnianego wyżej urzędowego potwierdzenia odbioru.

Warto zgodzić się ze stanowiskiem części podatników korzystających z elektronicznego przesyłania deklaracji, że gwarancje procesowe podatnika (lub płatnika) dotyczące zachowania terminu złożenia deklaracji podatkowej na formularzu w formie pisemnej oraz deklaracji podatkowej przesłanej za pomocą środków komunikacji elektronicznej powinny być identyczne.

Sprawa powyższa stała się także przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 3626). Zapytano w niej Ministerstwo Finansów, czy przewiduje korektę działania systemu e-Deklaracje, w taki sposób, by drobne błędy w edycji nie utrudniały podatnikom poprawnego złożenia deklaracji podatkowych. W odpowiedzi na nią Ministerstwo Finansów wskazało, że system e-Deklaracje, zgodnie ze wskazaniem ustawy – Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, z późn. zm.), umożliwia podatnikom i płatnikom wysyłanie deklaracji podatkowych w formie elektronicznej. Jednocześnie system musi być zgodny z pozostałymi przepisami prawa, m.in. z ustawą o podpisie elektronicznym (Dz. U. Nr 130, poz. 1450, z późn. zm.). Zatem deklaracje przyjmowane przez system e-Deklarcje muszą zostać podpisane bezpiecznym podpisem elektronicznym. Administracja podatkowa, która nie ma uprawnień do wydawania podpisów elektronicznych dla podatników i płatników, aby zweryfikować podpis musi korzystać z usług centrów certyfikacji, które zajmują się wydawaniem podpisów elektronicznych, zgodnie z ustawą o podpisie elektronicznym. Centra certyfikacji działają przez 24 godziny na dobę i 7 dni w tygodniu. Polityki certyfikacyjne poszczególnych wystawców określają maksymalne odstępy czasu, w jakich publikowana jest lista unieważnionych certyfikatów CRL (do 24 godzin). Resort finansów podkreślił, że aby nie dopuścić do sytuacji, w której podatnik posłużył się unieważnionym certyfikatem, zaprojektowany przez Ministerstwo Finansów system musi w tym zakresie dopasować się do polityki centrów certyfikacji i obowiązujących uregulowań prawnych. Konsekwencją powyższego jest wynoszący maksymalnie 24 - godzinny czas oczekiwania na uzyskanie urzędowego poświadczenia odbioru. Jednocześnie Ministerstwo Finansów poinformowało, że we współpracy z Ministerstwem Spraw Wewnętrznych i Administracji prowadzi prace mające na celu odejście do wymogu stosowania certyfikowanych podpisów elektronicznych w sprawach dotyczących prawa podatkowego. Doraźnie natomiast, aby zmniejszyć uciążliwości związane z czasem oczekiwania przez podatnika lub płatnika na wydanie urzędowego poświadczenia odbioru, przyjęto założenie, że w ciągu kilku minut od przyjęcia deklaracji w systemie zostaje wykonana weryfikacja zgodności złożonego dokumentu z opisującym go schematem (schemą XSD).

Pobranie informacji o wyniku weryfikacji wymaga od nadawcy wykonania czynności pobrania urzędowego poświadczenia odbioru. Jeżeli deklaracja jest niezgodna ze schematem, to w ciągu kilku minut od momentu wysłania deklaracji dostępny będzie komunikat „401 - Dokument niezgodny ze schematem xsd”. Jest to informacja o błędzie uniemożliwiającym przyjęcie dokumentu. Jednocześnie na stronie www.e-deklaracje.gov.pl w dziale: Instrukcje została zamieszczona „Instrukcja użytkownika”, dedykowana osobom korzystającym z usług systemu e-Deklaracje.
Ministerstwo Finansów wskazało, że najdogodniejszym sposobem dla podatników prowadzących działalność gospodarczą wydaje się być wysyłanie deklaracji podatkowych wprost z systemów finansowo-księgowych. Dlatego resort finansów zdecydował, że zostaną opublikowane otwarte standardy, umożliwiające producentom oprogramowania stworzenie własnych interfejsów współpracujących z systemem e-Deklaracje w zakresie składania elektronicznych deklaracji. W dniu 1 lipca 2008 r. udostępniono środowisko testowe do sprawdzenia poprawności działania oprogramowania interfejsowego, co stwarza dogodne warunki do rozwoju aplikacji współpracujących z systemem e-Deklaracje. Ministerstwo Finansów zapewniło, że zamierza prowadzić prace nad udoskonaleniami dostępnych formularzy, aby zminimalizować liczbę błędów po stronie podatników i płatników, którzy korzystać będą z formularzy dostępnych na stronie www.e-deklaracje.gov.pl