Sąd orzeka, że wydanie interpretacji nastąpiło zgodnie bądź niezgodnie z obowiązującymi przepisami. Mówiąc innymi słowy bada zgodność interpretacji z prawem. Każde zatem naruszenie prawa (materialnego, proceduralnego, ustrojowego) stanowić może jedyną i wystarczającą przesłankę do jej uchylenia przez sąd. Przesłankami do uchylenia indywidualnej interpretacji nie są natomiast przepisy dotyczące wznowienia postępowania ani stwierdzenia nieważności. W doktrynie pojawiają się opinie, że sąd powinien uchylać interpretację nie na podstawie wskazanego przepisu tylko na podstawie art. 145 §1 pkt 1 lit. a i c ppsa, tak R. Wiatrowski, Wybrane aspekty sądowej kontroli indywidualnych interpretacji podatkowych, Zeszyty Naukowe Sądownictwa Administracyjnego, nr 2/2002. Jednakże mając na uwadze orzecznictwo WSA i NSA(np. wyrok NSA z dnia 11.8.2010 r., II FSK 824/09) ten pogląd nie jest uzasadniony (H. Filipczyk, Indywidualne interpretacje prawa podatkowego – prawo i praktyka, Warszawa 2011).
Jak zauważa H. Filipczyk: „wyrok sądu administracyjnego nie jest interpretacją indywidualną. W literaturze i orzecznictwie podkreśla się, że orzekając w sprawach skargi na interpretację, sądy administracyjne nie mogą >> udzielić interpretacji>współadministrowanie
Art. 152 ppsa stanowi, że w razie uwzględnienia skargi sąd w wyroku określa, czy i w jakim zakresie zaskarżony akt lub czynność mogą być wykonane. W komentarzu do ustawy o postępowaniu przed sądami administracyjnymi wymienieni poniżej autorzy zastanawiają się nad obligatoryjnością zawarcia w orzeczeniu w sprawie interpretacyjnej zakresu w jakim akt lub czynność mają być wykonane tym bardziej, że w doktrynie brak jest jednolitego poglądu w tej sprawie ( B. Dauter, B. Gruszczyński, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz., Kraków 2005, str. 343-344). Jak zauważa H. Filipczyk wyroki uchylające interpretacje bardzo często, ale nie zawsze, zawierają stwierdzenie, że interpretacja nie podlega wykonaniu( H. Filipczyk, op. cit.).
Sąd kontroluje wyłącznie indywidualną interpretację, może uznać że interpretacja została wydana zgodnie z prawem i utrzymać ją w mocy. Może także uznać odwrotnie a mianowicie, że została wydana niezgodnie z prawem i uchylić ją.
W przypadku nieuwzględnienia skargi na indywidualna interpretację zgodnie z brzmieniem przepisu art. 151 ppsa sąd skargę oddala.
Jeżeli skarga dotyczyła bezczynności organu w związku ze złożeniem wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji przepisów sąd zobowiązuje organ do wydania interpretacji w przewidzianym do tego terminie (tak na podstawie art. 149 ppsa, który stanowi, że sąd uwzględniając skargę na bezczynność organów w sprawie indywidualnych interpretacji przepisów prawa podatkowego zobowiązuje organ do wydania w określonym terminie interpretacji).
Zgodnie z art. 146 §1 ppsa sąd uwzględniając skargę uchyla interpretację jednocześnie w myśl art. 152 ppsa orzeka czy i w jakim zakresie może ten zaskarżony akt być wykonany.