Podatnicy zagraniczni co do zasady mają w Polsce ograniczony obowiązek podatkowy. Zgodnie z przepisem art. 29 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz odpowiednio z art. 21 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych – podatek dochodowy od przychodów z praw autorskich i licencji, które to przychody są uzyskiwane przez osoby o ograniczonym obowiązku podatkowym pobiera się w formie ryczałtu w wysokości 20 proc. przychodu.

W celu ustalenia skutków podatkowych z tytułu wypłaty należności licencyjnych dotyczących programów komputerowych, ustalić należałoby, czy w tej sytuacji możemy w ogóle mówić o należnościach licencyjnych. To zaś wymagałoby wyjaśnienia dwóch kwestii – po pierwsze charakteru nabywanej licencji, zaś po drugie – znaczenia pojęcia „należności licencyjne" w świetle postanowień stosownej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania.

Licencje typu „end-user"

Odróżnia się nabycie licencji do programów komputerowych oraz samych programów. Przyjmuje się, że jeśli program nie jest przeznaczony do dalszej odprzedaży (rozpowszechniania) tylko do wewnętrznego użytku, wtedy nie mamy do czynienia z nabyciem licencji. Standardowa licencja końcowa (tzw. „end-user agreement", czy też „end-user license") pozwala na używanie programów, nie pozwala natomiast na ich modyfikowanie, poprawianie, kopiowanie, rozpowszechnianie (z wyjątkami dotyczącymi archiwizowania i sporządzania kopii bezpieczeństwa).
W takich przypadkach zapłata za program nie jest należnością licencyjną. Nie powoduje obowiązku pobrania zryczałtowanego podatku u źródła. Potwierdzają to także organa podatkowe w swoich interpretacjach. Tak przykładowo Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w piśmie z 7 lipca 2005 r., 1401/PD-4230Z-24/05/JP, czy też Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w piśmie z 5 września 2005 r., PBB1/421-55/05.

Licencje z prawem do rozpowszechniania

W przypadku, gdy nie mamy tutaj do czynienia z „licencją końcową", można dalej rozważać, czy mamy tu do czynienia z należnościami licencyjnymi. To wymagałoby zaś odwołania się do przepisów umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, gdyż przepisy dotyczące opodatkowania należności licencyjnych stosuje się z uwzględnieniem tych umów. W poniższym tekście posłużymy się przykładem umowy między Rzecząpospolitą Polską a Republiką Federalną Niemiec w sprawie unikania podwójnego opodatkowania w zakresie podatków od dochodu i od majątku, podpisanej w Berlinie 14 maja 2003 r. (Dz. U. z 2005 r. Nr 12, poz. 90) – dalej Umowa.
Przepis art. 12 ust. 3 Umowy – definiując należności licencyjne – stanowi, że za należności te uważa się wszelkiego rodzaju należności płacone za użytkowanie lub prawo do użytkowania wszelkich praw autorskich do dzieła literackiego, artystycznego lub naukowego, włącznie z filmami dla kin, wszelkiego patentu, znaku towarowego, wzoru lub modelu, planu, tajemnicy technologii lub procesu produkcyjnego lub za użytkowanie lub prawo do użytkowania urządzenia przemysłowego, handlowego lub naukowego lub za informacje dotyczące doświadczenia w dziedzinie przemysłowej, handlowej lub naukowej. Postanowienie to stosuje się odpowiednio do wszelkiego rodzaju wypłat za użytkowanie lub prawo do użytkowania nazwy, zdjęcia lub innych podobnych praw osobistych oraz do wypłat otrzymywanych jako wynagrodzenie za nagranie przez radio lub telewizję występów sportowców lub artystów.
Definicja powyższa nie stanowi odrębnie ani o prawach do oprogramowania komputerowego, ani też nie stanowi o prawach do jakiegokolwiek dzieła.
W komentarzu do Konwencji Modelowej OECD – na której oparte są wszystkie umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania, w tym umowa z Niemcami – wskazuje się, że „mogą powstać trudności w zastosowaniu do oprogramowania postanowień przepisów artykułu o prawie autorskim, ponieważ postanowienia ust. 2 wymagają, aby oprogramowanie mogło być uznane za utwór literacki, artystyczny i naukowy. Żadna z tych kwalifikacji nie wydaje się w pełni zadowalająca. Ustawodawstwo wielu państw w zakresie praw autorskich rozwiązuje ten problem, traktując oprogramowanie jako dzieło literackie bądź artystyczne. W przypadku innych państw utożsamianie oprogramowania z dziełem naukowym jest jak najbardziej realistycznym podejściem. Państwa, w których nie daje się oprogramowania zakwalifikować do żadnej z tych kategorii, mogą w drodze negocjacji wprowadzić do umów dwustronnych zmodyfikowane brzmienie ust. 2, aby wyeliminować jakiekolwiek odniesienia do istoty praw autorskich albo wzmiankować wyraźnie oprogramowanie komputerowe".
Tak więc potraktowanie wynagrodzenia za prawa do oprogramowania jest uzależnione od tego, czy można oprogramowanie zakwalifikować według prawa krajowego (tu: prawa polskiego) jako dzieło literackie, artystyczne bądź naukowe, a także ewentualnie od tego, czy umowa o unikaniu podwójnego opodatkowania nie określa wyraźnie należności za prawa do oprogramowania komputerowego jako należności licencyjnych.
W wyroku z 20 czerwca 2001 r., III SA 163/00, OSP 2002, nr 5, poz. 73 NSA stwierdził, że: „Na gruncie obowiązującej od  24 maja 1994 r. ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych, program komputerowy nie może być utożsamiany z utworem literackim, utworem artystycznym czy pracą naukową, gdyż przepisy tej ustawy uznają program komputerowy za odrębną kategorię utworów będących przedmiotem prawa autorskiego. W art. 1 ust. 2 pkt 1 tej ustawy wymienia się utwory wyrażone słowem, symbolami matematycznymi, znakami graficznymi (literackie, publicystyczne, naukowe, kartograficzne oraz programy komputerowe), w dalszych punktach zaś są wyszczególnione utwory, które można kwalifikować jako artystyczne (plastyczne, fotograficzne, muzyczne, słowno-muzyczne, sceniczne, sceniczno-muzyczne, choreograficzne, pantomimiczne, audiowizualne). Ponadto odrębność prawną programów komputerowych podkreśla rozdział 7 ustawy, zawierający przepisy szczególne dotyczące tego rodzaju utworów. Tak więc od dnia wejścia w życie omawianej ustawy prawa autorskie do programów komputerowych nie mogą być uznawane za mieszczące się w pojęciu praw autorskich z tytułu twórczości literackiej, artystycznej lub prac naukowych".
Mając na uwadze powyższe – należy stwierdzić, że wynagrodzenie płacone za prawa do użytkowania programu komputerowego nie mogą być zakwalifikowane jako opłaty licencyjne w rozumieniu przepisów umowy polsko-niemieckiej o unikaniu podwójnego opodatkowania.
W praktyce organów podatkowych można wprawdzie się spotkać z poglądem, że wynagrodzenie za licencje do programów komputerowych – niezależnie od szczegółów postanowień umów o unikaniu podwójnego opodatkowania – podlega w Polsce podatkowi u źródła. Tak przykładowo MF w piśmie z 31 stycznia 2007 r., DD7/033-260/KS/06/4115.
Pogląd powyższy – o braku opodatkowania u źródła należności płaconych za oprogramowanie (jeśli wyraźnie nie wymieniono w danej umowie takich należności jako należności licencyjnych) – jest jednak konsekwentnie podtrzymywany w orzecznictwie sądowym. Przykładowo w wyroku z 17 października 2007 r., III SA/Wa 1017/07, NSA stwierdził: „Skoro program komputerowy nie stanowi dzieła literackiego ani naukowego w rozumieniu polskiej regulacji w zakresie prawa autorskiego, to na podstawie art. 12 w zw. z art. 3 ust. 2 umowy z 14 maja 2003 r. między Rzecząpospolitą Polską a Republiką Federalną Niemiec w sprawie unikania podwójnego opodatkowania w zakresie podatków od dochodu i od majątku (...), nie może być zakwalifikowany do należności licencyjnych".