Grunty parafialne zostały wydzierżawione pod tzw. ogródki działkowe, gdzie z każdym dzierżawcą była podpisana oddzielna umowa. W związku z licznymi umowami dzierżawy i ich rozliczaniem parafia uzyskała status podatnika VAT. W następnych latach, przez brak regulacji prawnych, doszło do samowoli budowlanych. Miasto, chcąc unormować tą sytuację, utworzyło z terenów ogródków działkowych osiedle. Ponadto miasto utworzyło drogi asfaltowe i chodniki na tym gruncie. Natomiast nie doszło do żadnych rozliczeń za te inwestycję pomiędzy miastem a parafią. W związku z powyższym parafii zostało wypłacone odszkodowanie za grunty.
W sprawie pojawiły się dwie istotne kwestie. Pierwsza dotyczyła dokonania dostawy nieruchomości za odszkodowaniem i w związku z tym występowaniem parafii w roli podatnika VAT. Natomiast druga odnosiła się do możliwości zastosowania zwolnienia z VAT do dostawy gruntu z drogą.
W ocenie kościoła dokonana przez dostawa towaru za odszkodowaniem nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, ponieważ według swojego przekonania, nie działał jako podatnik VAT. Natomiast co do drugiej kwestii to parafia uznała, że mogła skorzystać ze zwolnienia, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 10a ustawy o VAT. Prawo do skorzystania ze zwolnienia argumentowała faktem, że na gruncie znajduje się budowla w postaci drogi asfaltowej z chodnikami.
Fiskus zanegował stanowisko parafii w każdym aspekcie. Organ stwierdził, że w przedmiotowej sprawie parafia bezdyskusyjnie działała w charakterze podatnika VAT, a co za tym idzie należało opodatkować podatkiem VAT dostawę gruntów. Co do kwestii zastosowania zwolnienia dla gruntu pod drogę to organ uznał, że takowego nie można zastosować, ponieważ parafia nie dokonywała rozliczenia i zwrotu poniesionych przez miasto nakładów na budowę ulepszeń w postaci tej drogi i chodników na tym gruncie. Fiskus podkreślił, że w takiej sytuacji za przedmiot dostawy należy jedynie wskazać grunt.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu (I SA/Po 1019/15) podzielił stanowisko organu. WSA podkreślił okoliczności dotyczące dzierżawy i na ich podstawie wywnioskował, że parafia prowadziła działalność gospodarczą w zakresie dzierżawy gruntu. Sąd uznał, że w sprawie nie można mówić o zarządzie majątkiem prywatnym przez kościół. Następnie WSA wypowiedział się co opodatkowania gruntu z drogą uznając, że w tym przypadku doszło jedynie do dostawy samego gruntu, ponieważ miasto nie przeniosło prawa do dysponowania jak właściciel sfinansowanymi przez siebie ulepszeniami.
W dniu 15 grudnia br. Naczelny Sąd Administracyjny (I FSK 417/16) podtrzymał stanowisko organu interpretacyjnego i WSA. Sąd podał, że pojęcie działalności gospodarczej jest bardzo szerokie i obejmuje wszelką działalność. Nie ma znaczenia skąd parafia miała grunt, ale jak nim zarządzała. NSA podkreślił, że nie można dopuścić do sytuacji, w której wywłaszczenie gruntów przez działkowiczów skutkowało by wystąpieniem przez parafię w charakterze osoby prywatnej zamiast przedsiębiorcy. Taki pogląd dodatkowo utwierdza fakt, że wszystkie dzierżawy parafia rozliczała jak podatnik VAT, więc tym bardziej niezasadnym byłoby zmieniać jej status dla innej transakcji, ale dotyczącej tych samych gruntów. Sąd drugiej instancji podzielił wszystkie twierdzenia WSA i organu, co do charakteru podatnika i braku możliwości zastosowania zwolnienia do drogi.