Mimo że nowa ustawa SIO jeszcze nie weszła w życie (będzie obowiązywać od 30 kwietnia 2012 r.) już wzbudza wiele kontrowersji. Została nawet zaskarżona do Trybunału Konstytucyjnego.
Największe wątpliwości budziło bezpieczeństwo gromadzonych w systemie danych, w tym przede wszystkim kwestia dostępności informacji na temat potrzeby kształcenia specjalnego ucznia. Obecne brzmienie ustawy zakłada, że wszelkie dane na temat tego rodzaju kształcenia oraz objęcia ucznia pomocą psychologiczno-pedagogiczną będą powiązane z danymi osobowymi ucznia, co umożliwia dużej liczbie osób dostęp do tak wrażliwych danych o uczniach.
Zmienić ma to nowelizacja ustawy o SIO zaproponowana przez ministerstwo edukacji. Sposób gromadzenia danych na temat potrzeby kształcenia specjalnego ma zapewnić uczniowi anonimowość.
Zamiast jednostkowego gromadzenia tego rodzaju informacji, nowelizacja dopuszcza gromadzenie ich w bazie danych SIO - zbiorczo - w zbiorach danych szkół i placówek.
Jednostkowo informacje o objęciu ucznia ww. pomocą gromadzone będą jedynie w lokalnych bazach danych, tj. w zbiorach danych uczniów.