Indywidualny tok nauki - jak wyjaśniono w uzasadnieniu - polega na kształceniu się ucznia według systemu innego niż udział w obowiązkowych zajęciach edukacyjnych, w zakresie jednego, kilku lub wszystkich obowiązujących zajęć, które przewidziane są w tygodniowym rozkładzie zajęć.
Uczeń będzie mógł skorzystać z takiej formy nauki, jeżeli uzyska zezwolenie dyrektora szkoły. Dyrektor przed rozstrzygnięciem powinien zasięgnąć opinii rady pedagogicznej oraz publicznej poradni psychologiczno-pedagogicznej. Zezwolenie to wydawane jest na wniosek: zainteresowanego ucznia (niepełnoletniego – za zgodą rodziców), rodziców, wychowawcy klasy lub nauczyciela prowadzącego zajęcia, których dotyczy wniosek, za zgodą rodziców oraz pełnoletniego ucznia. Przy podejmowaniu decyzji o wydaniu zezwolenia, dyrektor powinien kierować się dobrem ucznia i oceną jego możliwości i indywidualnych uzdolnień.
Nowe rozporządzenie to w większości powtórzenie dotychczasowych rozwiązań, jedyną większą zmianą jest rezygnacja z przepisu określającego czas, na jaki udziela się zezwolenia na indywidualny program lub tok nauki (dotychczas udzielane było na czas nie krótszy niż jeden rok szkolny). W projekcie zaproponowano, aby zezwolenia udzielano na czas określony, bez wskazywania minimalnego okresu jego trwania.