Pomysł organizacji klas dwujęzycznych od początku budzi kontrowersje. Jako że w wyniku reformy znikną gimnazja dwujęzyczne, MEN chce, by oddziały tego rodzaju powstawały w podstawówkach - w klasie VII i VIII. Fala krytyki spadła na resort za pomysł, by do klas tych w pierwszej kolejności przyjmowali byli uczniowie szkoły, w której powstały oddziały. W praktyce oznacza to rejonizację klas dwujęzycznych - eksperci obawiają się, że to właśnie miejsce zamieszkania, a nie predyspozycje uczniów będa decydować o dalszej edukacji.
Pomysłem na rozwiązanie tego problemu jest umożliwienie tworzenia klas przygotowawczych przy liceach. MEN zgłosił taką poprawkę podczas prac nad ustawą. Klasy te nie zastąpią jednak edukacji w ostatniej klasie podstawówki, co de facto oznacza, że edukacja w tym systemie potrwa o rok dłużej. Posłowie z komisji nie zgodzili się, by szkoły średnie miały możliwość tworzenia własnych, dujęzycznych klas VIII.
