Zastrzeżenia dotyczą przede wszystkim zmiany sposobu obsadzania wyższych stanowisk w tej służbie. Otwarty i konkurencyjny nabór na wyższe stanowiska w służbie cywilnej został zastąpiony powołaniem. Nowelizacja obniżyła także wymogi kwalifikacyjne dla osób powoływanych na wyższe stanowiska w służbie cywilnej. We wniosku złożonym 1 lutego 2016 r. Rzecznik wskazał, że dla bezstronnego i neutralnego politycznie wykonywania zadań państwa zasadnicze znaczenie ma stabilność zatrudnienia w służbie cywilnej. Stosunek pracy na podstawie powołania charakteryzuje się natomiast najmniejszą ochroną pracownika na wypadek jego rozwiązania. Taki pracownik może być w każdym czasie odwołany ze stanowiska przez organ, który go powołał. W praktyce oznacza to, że osoba powołana na wyższe stanowisko w służbie cywilnej pozostaje w zakresie swojego statusu pracowniczego w całkowitej zależności od organu powołującego.
RPO wskazał ponadto, że ustawodawca wyłączył prawo obywateli do informacji o wolnych wyższych stanowiskach w służbie cywilnej. Narusza to prawo dostępu do służby publicznej na jednakowych zasadach.
W nowelizacji przewidziano wygaszenie stosunków pracy z osobami dotychczas zajmującymi wyższe stanowiska w służbie cywilnej obsadzone w wyniku otwartego i konkurencyjnego naboru, po upływie 30 dni od dnia wejścia w życie ustawy zmieniającej, jeżeli nie zostaną im zaproponowane nowe warunki pracy lub płacy albo w razie nieprzyjęcia nowych warunków pracy lub płacy. Decyzja o wygaśnięciu tych stosunków pracy została pozostawiona w niczym nieograniczonej dyspozycji kierowników poszczególnych urzędów. Regulacja ta, zdaniem RPO, jest niezgodna z zasadą zaufania obywateli do państwa i prawa, ponieważ bez konstytucyjnie uzasadnionego powodu narusza bezpieczeństwo prawne osób zajmujących dotychczas wyższe stanowiska w służbie cywilnej.