Datą wygaśnięcia pozwolenia jest data ziszczenia się przesłanek to wygaśnięcie uzasadniających, bez względu na dalsze zachowanie się: zakładu, który był uprawniony z tego pozwolenia, innych osób czy organów administracji wodnej. Wprawdzie art. 138 Prawa wodnego stanowi, że stwierdzenie wygaśnięcia pozwolenia następuje w drodze decyzji wydanej na wniosek strony lub z urzędu, decyzja taka ma jednak wyłącznie charakter deklaratoryjny. Tym samym decyzja ta potwierdza wyłącznie istniejący stan prawny, a nie tworzy nowego, co oznacza, że wywołuje ona skutki prawne wstecz (ex tunc), czyli od chwili ziszczenia się przesłanek uzasadniających wygaśnięcie pozwolenia.
Wydanie decyzji stwierdzającej wygaśnięcie pozwolenia wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania administracyjnego, które powinno być wszczęte zgodnie z zasadami określonymi przez ustawę z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jedn.: Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071 z późn. zm.), przez organ administracji wodnej z własnej inicjatywy lub na wniosek strony. Zgodnie z art. 140 ust. 3 Prawa wodnego, organem właściwym do wszczęcia takiego postępowania, jego przeprowadzenia i wydania decyzji stwierdzającej wygaśnięcie pozwolenia jest organ właściwy do wydawania pozwolenia wodnoprawnego, które wygasło. Z treści art. 138 ust. 1 Prawa wodnego nie można jednoznacznie wywieść, kogo należy rozumieć przez stronę uprawnioną do wnioskowania o wygaśnięcie pozwolenia; uprawnionego z pozwolenia, które wygasło czy osoby, które były stronami postępowania o jego udzielenie. Pamiętać należy, że postępowanie w sprawie wygaśnięcia pozwolenia jest postępowaniem w nowej sprawie administracyjnej, wymaga więc ustalenia stron tego postępowania niezależnie ustaleń w tej materii dokonanych w postępowaniu poprzedzającym wydanie pozwolenia, które wygasło. Ponieważ stroną postępowania o wydanie pozwolenia wodnoprawnego, w świetle art. 127 ust. 7 Prawa wodnego, jest ubiegający się o nie wnioskodawca, właściciel wody, dyrektor regionalnego zarządu gospodarki wodnej, a także właściciel urządzenia wodnego, władający powierzchnią ziemi oraz uprawniony do rybactwa znajdujący się w zasięgu oddziaływania korzystania z wód lub urządzeń wodnych, uznać należy, że żądać wszczęcia takiego postępowania może również osoba, która nie uczestniczyła w postępowaniu o wydanie pozwolenia, ale obecnie ma interes prawny w stwierdzeniu jego wygaśnięcia, ponieważ obecnie znajduje się w zasięgu oddziaływania korzystania z wody, na które pozwolenie wygasło. Osoba, która zamierza ubiegać się o uzyskanie pozwolenia wodnoprawnego, które wygasło, a nie spełnia żadnej z ww. przesłanek do bycia stroną, nie może skutecznie wnioskować o wszczęcie postępowania w sprawie stwierdzenia tego wygaśnięcia. W takiej sytuacji organ obowiązany jest wszcząć to postępowanie z urzędu, ponieważ ustawodawca nie pozostawił organowi administracji wodnej swobodnego uznania w zakresie wydania decyzji potwierdzającej fakt wygaśnięcia pozwolenia wodnoprawnego, a tym samym wszczęcia poprzedzającego tą decyzję postępowania.
Przedmiotem postępowania prowadzonego w trybie art. 135 i art. 138 Prawa wodnego powinno być niebudzące wątpliwości ustalenie, że przesłanki uzasadniające wygaśnięcie pozwolenia wodnoprawnego ziściły się.
Najmniej wątpliwości budzi ustalenie wygaśnięcia pozwolenia z powodu upływu czasu, na który było ono wydane. Zgodnie z art. 127 Prawa wodnego, wszystkie rodzaje pozwoleń wodnoprawnych, za wyjątkiem pozwoleń na wykonanie urządzenia wodnego, są wydawane na czas określony. Konsekwencją tego jest posiadanie przez zakład uprawnień wynikających z pozwolenia tylko w wyznaczonym przedziale czasowym, zaczynającym się od dnia, w którym decyzja udzielająca pozwolenia wodnoprawnego stała się ostateczna i kończącym się w dniu wskazanym w tej decyzji jako ostatni, do którego przyznane zostało uprawnienie. Przedmiotem ustaleń powinno być w takiej sytuacji jedynie odniesienie daty wskazanej w pozwoleniu jako dzień, do którego zostało ono udzielone, do daty rzeczywistej, co nie wymaga żadnego postępowania dowodowego; fakt i data wygaśnięcia pozwolenia w takiej sytuacji są dla każdego oczywiste. Bardziej skomplikowana sytuacja występowała będzie wtedy, gdy pozwolenia udzielono nie do określonej, konkretnej daty, ale poprzez wskazanie okresu jej obowiązywania. W takiej sytuacji moment wygaśnięcia pozwolenia nie jest taki jednoznaczny i oczywisty i wymaga przeprowadzenia pewnych ustaleń. Okres ten należy liczyć od daty ostateczności decyzji, mocą której pozwolenia udzielono, a więc po upływie 14 dni od daty, w której ostatnia osoba będąca stroną postępowania otrzymała tą decyzję, albo od daty wydania decyzji przez organ drugiej instancji. Badaniu powinny być więc poddane akta sprawy poprzedzającej wydanie wygasłego pozwolenia, jeżeli dokument pozwolenia wodnoprawnego będący w posiadaniu uprawnionego nie jest opatrzony adnotacją o dacie, w której decyzja stała się ostateczna.
Wydanie decyzji stwierdzającej wygaśnięcie pozwolenia wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania administracyjnego, które powinno być wszczęte zgodnie z zasadami określonymi przez ustawę z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jedn.: Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071 z późn. zm.), przez organ administracji wodnej z własnej inicjatywy lub na wniosek strony. Zgodnie z art. 140 ust. 3 Prawa wodnego, organem właściwym do wszczęcia takiego postępowania, jego przeprowadzenia i wydania decyzji stwierdzającej wygaśnięcie pozwolenia jest organ właściwy do wydawania pozwolenia wodnoprawnego, które wygasło. Z treści art. 138 ust. 1 Prawa wodnego nie można jednoznacznie wywieść, kogo należy rozumieć przez stronę uprawnioną do wnioskowania o wygaśnięcie pozwolenia; uprawnionego z pozwolenia, które wygasło czy osoby, które były stronami postępowania o jego udzielenie. Pamiętać należy, że postępowanie w sprawie wygaśnięcia pozwolenia jest postępowaniem w nowej sprawie administracyjnej, wymaga więc ustalenia stron tego postępowania niezależnie ustaleń w tej materii dokonanych w postępowaniu poprzedzającym wydanie pozwolenia, które wygasło. Ponieważ stroną postępowania o wydanie pozwolenia wodnoprawnego, w świetle art. 127 ust. 7 Prawa wodnego, jest ubiegający się o nie wnioskodawca, właściciel wody, dyrektor regionalnego zarządu gospodarki wodnej, a także właściciel urządzenia wodnego, władający powierzchnią ziemi oraz uprawniony do rybactwa znajdujący się w zasięgu oddziaływania korzystania z wód lub urządzeń wodnych, uznać należy, że żądać wszczęcia takiego postępowania może również osoba, która nie uczestniczyła w postępowaniu o wydanie pozwolenia, ale obecnie ma interes prawny w stwierdzeniu jego wygaśnięcia, ponieważ obecnie znajduje się w zasięgu oddziaływania korzystania z wody, na które pozwolenie wygasło. Osoba, która zamierza ubiegać się o uzyskanie pozwolenia wodnoprawnego, które wygasło, a nie spełnia żadnej z ww. przesłanek do bycia stroną, nie może skutecznie wnioskować o wszczęcie postępowania w sprawie stwierdzenia tego wygaśnięcia. W takiej sytuacji organ obowiązany jest wszcząć to postępowanie z urzędu, ponieważ ustawodawca nie pozostawił organowi administracji wodnej swobodnego uznania w zakresie wydania decyzji potwierdzającej fakt wygaśnięcia pozwolenia wodnoprawnego, a tym samym wszczęcia poprzedzającego tą decyzję postępowania.
Przedmiotem postępowania prowadzonego w trybie art. 135 i art. 138 Prawa wodnego powinno być niebudzące wątpliwości ustalenie, że przesłanki uzasadniające wygaśnięcie pozwolenia wodnoprawnego ziściły się.
Najmniej wątpliwości budzi ustalenie wygaśnięcia pozwolenia z powodu upływu czasu, na który było ono wydane. Zgodnie z art. 127 Prawa wodnego, wszystkie rodzaje pozwoleń wodnoprawnych, za wyjątkiem pozwoleń na wykonanie urządzenia wodnego, są wydawane na czas określony. Konsekwencją tego jest posiadanie przez zakład uprawnień wynikających z pozwolenia tylko w wyznaczonym przedziale czasowym, zaczynającym się od dnia, w którym decyzja udzielająca pozwolenia wodnoprawnego stała się ostateczna i kończącym się w dniu wskazanym w tej decyzji jako ostatni, do którego przyznane zostało uprawnienie. Przedmiotem ustaleń powinno być w takiej sytuacji jedynie odniesienie daty wskazanej w pozwoleniu jako dzień, do którego zostało ono udzielone, do daty rzeczywistej, co nie wymaga żadnego postępowania dowodowego; fakt i data wygaśnięcia pozwolenia w takiej sytuacji są dla każdego oczywiste. Bardziej skomplikowana sytuacja występowała będzie wtedy, gdy pozwolenia udzielono nie do określonej, konkretnej daty, ale poprzez wskazanie okresu jej obowiązywania. W takiej sytuacji moment wygaśnięcia pozwolenia nie jest taki jednoznaczny i oczywisty i wymaga przeprowadzenia pewnych ustaleń. Okres ten należy liczyć od daty ostateczności decyzji, mocą której pozwolenia udzielono, a więc po upływie 14 dni od daty, w której ostatnia osoba będąca stroną postępowania otrzymała tą decyzję, albo od daty wydania decyzji przez organ drugiej instancji. Badaniu powinny być więc poddane akta sprawy poprzedzającej wydanie wygasłego pozwolenia, jeżeli dokument pozwolenia wodnoprawnego będący w posiadaniu uprawnionego nie jest opatrzony adnotacją o dacie, w której decyzja stała się ostateczna.